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Revue des Maladies Respiratoires Actualités
Vol 1, N° 1  - mars 2009
pp. 56-59
Doi : RMRA-03-2009-1-1-1877-1203-101019-200904032
Synthèse. Évolution des outils diagnostiques
 

Une question souvent posée est celle de la documentation microbiologique des pneumonies communautaires. En effet, le diagnostic étiologique des pneumonies communautaires n’est effectué que dans 30 % des cas. Il est habituel de traiter les patients au vu des données anamnestiques et cliniques en incluant dans le spectre antibiotique, en fonction de la gravité, les deux agents pathogènes les plus fréquemment retrouvés : Streptococcus pneumoniae et Legionella pneumophila. Ainsi, le rôle et l’intérêt des prélèvements microbiologiques restent largement discutés. Par ailleurs, la faible valeur prédictive, positive et négative, des prélèvements classiques non invasifs (examen cytobactériologique des crachats, hémocultures) rendent leur interprétation difficile. En effet, les études effectuées [1] dans les pneumonies à pneumocoque mettent en évidence une sensibilité et spécificité de la culture de l’examen cytobactériologique des crachats (ECBC), de 39 % et 75,8 %. Toutefois, la qualité de l’ECBC [2] permet d’améliorer ses performances avec une sensibilité et spécificité de 76 et 100 %, mais ne guidant l’antibiothérapie que dans 23 % des cas. Mais l’identification de l’agent pathogène aurait deux avantages potentiels : améliorer le pronostic par l’adéquation thérapeutique et permettre une désescalade thérapeutique.

Quelles sont les nouvelles techniques disponibles en microbiologie pour le diagnostic étiologique ?

De nouvelles techniques diagnostiques sont actuellement disponibles, dont l’antigénurie permettant la détection des bactéries (légionelle et pneumococcique), l’immunofluorescence permettant la détection de virus et l’amplification génétique par PCR. Ainsi, l’antigénurie pneumococcique permettrait d’établir le diagnostic dans 26 % des cas et serait plus sensible en cas de pneumococcémies [3]. Toutefois, son interprétation chez l’enfant reste délicate, ne permettant pas de faire la différence entre colonisation et infection. Quand à l’antigénurie Legionella, son importance dans le diagnostic des légionelloses et dans la réduction des délais diagnostiques reste primordiale [4].

L’utilisation de l’amplification génique semble être d’une aide diagnostique majeure. En effet, cet examen est moins affecté par la prescription d’une antibiothérapie préalable. La sensibilité de la PCR pneumocoque dans le sang est de 29 % à 100 % selon les études, les performances semblant supérieures chez l’enfant que l’adulte. Dans les crachats, la PCR pneumocoque a une sensibilité de 68 à 100 %, mais il est difficile de déterminer si ce résultat est le reflet de la colonisation des voies aériennes supérieures ou de l’infection. Certains auteurs préconisent la réalisation de PCR quantitative, qui permettrait de faire la part des choses entre colonisation et infection. Ainsi, dans un travail [5] effectué aux urgences et évaluant la PCR quantitative dans le diagnostic des pneumonies à pneumocoque (détection de la pneumolysine), les auteurs mettaient en évidence une sensibilité et une spécificité respectivement de 90 % et 80 % lorsque la PCR détectait une quantité supérieure ou égale à 3,7 × 104 génomes de Streptococcus pneumoniae dans les crachats. Toutefois, malgré l’intérêt de cette technique dans le diagnostic des infections à Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae (amplification du gène de la fumarate réductase) et Moraxella catarrhalis (amplification du gène codant pour la protéine de membrane B), son utilisation en routine reste débattue.

Les techniques diagnostiques virologiques ont-elles aussi évolué. Ainsi, nous disposons de l’immunofluorescence dont les performances diagnostiques ont progressé. La sensibilité de la technique dans le diagnostic des infections grippales est de 80 %, et elle est supérieure à 90 % dans le diagnostic des infections liées au virus respiratoire syncitial, et à 85 % dans le diagnostic des infections au métapneumovirus (spécificité 99,4 %) [6]. La sensibilité de cet examen semble liée au type de prélèvement. Ainsi, l’aspiration naso-pharyngée semble être plus informative : dans une étude récente [7] effectuée chez des enfants, les auteurs mettaient en évidence une meilleure sensibilité de l’aspiration naso-pharyngée comparativement à l’écouvillonnage nasal. Toutefois, l’utilisation de l’écouvillonnage nasal avait une sensibilité équivalente à l’aspiration naso-pharyngée en cas d’utilisation de l’amplification génique (PCR) comme test diagnostique.

Où en sommes-nous des biomarqueurs ? [8]

Nombreux sont les biomarqueurs disponibles et dont l’utilisation a été proposée comme aide dans le diagnostic et le suivi des pneumonies communautaires. Parmi ceux-ci, on peut citer : la C réactive protéine (CRP), la Pro calcitonine (PCT), et plus récemment la Copeptine.

Pour la CRP, une méta-analyse récente [9] incluant 12 études suggérait que la CRP était un examen peu sensible et peu spécifique, ne permettant pas de faire la différence entre pneumonies bactériennes ou virales.

Concernant la PCT, son rôle est actuellement suggéré non seulement dans l’aide au diagnostic étiologique (viral versus bactérien) mais aussi pour guider la durée de l’antibiothérapie. Ainsi, un seuil < 0,25 µg/l à l’admission permettrait d’éviter une prescription antibiotique abusive sans augmentation de la mortalité ou morbidité des patients.

Quand à la Copeptine (précurseur de l’ADH), il semblerait que ce marqueur soit plutôt le reflet de la gravité des pneumonies communautaires, et permettrait d’aider les cliniciens à orienter les patients vers les structures de soins les plus adaptées.

Existe-t-il une place pour les méthodes diagnostiques invasives ?

Il est usuel, dans la pneumonie communautaire, de proposer des prélèvements endo-bronchiques dans les situations suivantes : patients nécessitant une ventilation mécanique dès l’admission ou pneumonie non ou lentement résolutive. Dans une étude menée à Barcelone, les auteurs mettaient en évidence que l’évolution défavorable des pneumonies communautaires était associée, soit à l’inadéquation de l’antibiothérapie initiale (agent pathogène résistants aux antibiotiques choisis), soit à la survenue d’une pneumonie nosocomiale. Raison pour laquelle ils préconisaient de limiter les prélèvements endo-bronchiques aux patients en échec de l’antibiothérapie initiale [10].

Dans une étude rétrospective menée par J. Rello [11] en réanimation chez 204 patients hospitalisés pour pneumonie communautaire, les auteurs mettaient en évidence que les investigations microbiologiques avaient permis de modifier les choix thérapeutiques dans 42 % des cas et, surtout, chez 5 % des patients dont l’antibiothérapie initiale était inadéquate.

L’intérêt du diagnostic étiologique serait d’éviter l’évolution défavorable, les échecs thérapeutiques et les complications, et de réduire ainsi la durée de séjour et la mortalité.

Les résultats des prélèvements microbiologiques modifient-ils notre démarche thérapeutique ? Des études anciennes [12] mettaient en doute l’intérêt des hémocultures dans le diagnostic étiologique des pneumonies communautaires. En effet, dans une étude observationnelle prospective réalisée chez 760 patients hospitalisés pour PAC, les auteurs mettaient en évidence que les résultats des hémocultures étaient susceptibles de modifier l’attitude thérapeutique dans 1,97 % des cas seulement. Plus récemment [13], dans un travail randomisé contrôlé, les auteurs démontraient que l’utilisation de la RT-PCR permettait d’améliorer les performances diagnostiques en multipliant par deux le nombre de diagnostics comparativement aux techniques conventionnelles, sans modification de l’attitude thérapeutique alors même qu’elles entraînaient un surcoût de 318 dollars par patient.

Enfin, dans la mesure où seuls 13 % des patients admis pour CAP évoluent défavorablement [14] où il s’agit dans seulement 19 % de ces cas d’une aggravation liée à la progression de la pneumonie (les autres aggravations sont liées à la gravité initiale de la pneumonie ou du sepsis, ou à la survenue d’un infarctus du myocarde), les auteurs ne semblent pas juger utile d’effectuer une recherche microbiologique.

Pour toutes ces raisons les auteurs, lors de ce symposium, ne recommandaient pas la réalisation de prélèvements invasifs systématiques en cas de pneumonie communautaire, réservant cette pratique au faible nombre de cas dont l’évolution serait défavorable.

Références

[1]
Butler JC, Bosshardt SC, Phelan M, Moroney SM, Tondella ML, Farley MM, Schuchat A, Fields BS : Classical and latent class analysis evaluation of sputum polymerase chain reaction and urine antigen testing for diagnosis of pneumococcal pneumonia in adults. J Infect Dis 2003 ; 187 : 1416-23.
[2]
Miyashita N, Shimizu H, Ouchi K, Kawasaki K, Kawai Y, Obase Y, Kobashi Y, Oka M : Assessment of the usefulness of sputum Gram stain and culture for diagnosis of community-acquired pneumonia requiring hospitalization. Med Sci Monit 2008 ; 14 : CR171-6.
[3]
Rosón B, Fernández-Sabé N, Carratalà J, Verdaguer R, Dorca J, Manresa F, Gudiol F : Contribution of a urinary antigen assay (Binax NOW) to the early diagnosis of pneumococcal pneumonia. Clin Infect Dis 2004 ; 38 : 222-6.
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Den Boer JW, Yzerman EP, Schellekens J, Lettinga KD, Boshuizen HC, Van Steenbergen JE, Bosman A, Van den Hof S, Van Vliet HA, Peeters MF, Van Ketel RJ, Speelman P, Kool JL, Conyn-Van Spaendonck MA : A large outbreak of Legionnaires’disease at a flower show, the Netherlands, 1999. Emerg Infect Dis 2002 ; 8 : 37-43.
[5]
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[6]
Landry ML, Cohen S, Ferguson D. Prospective study of human metapneumovirus detection in clinical samples by use of light diagnostics direct immunofluorescence reagent and real-time PCR. J Clin Microbiol : 2008 ; 46 : 1098-100.
[7]
Sung RY, Chan PK, Choi KC, Yeung AC, Li AM, Tang JW, Ip M, Tsen T, Nelson EA : Comparative study of nasopharyngeal aspirate and nasal swab specimens for diagnosis of acute viral respiratory infection. J Clin Microbiol 2008 ; 46 : 3073-6.
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[9]
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Arancibia F, Ewig S, Martinez JA, Ruiz M, Bauer T, Marcos MA, Mensa J, Torres A : Antimicrobial treatment failures in patients with community-acquired pneumonia: causes and prognostic implications. Am J Respir Crit Care Med 2000 ; 162 : 154-60.
Rello J, Bodi M, Mariscal D, Navarro M, Diaz E, Gallego M, Valles J : Microbiological testing and outcome of patients with severe community-acquired pneumonia. Chest 2003 ; 123 : 174-80.
Campbell SG, Marrie TJ, Anstey R, Dickinson G, Ackroyd-Stolarz S : The contribution of blood cultures to the clinical management of adult patients admitted to the hospital with community-acquired pneumonia: a prospective observational study. Chest 2003 ; 123 : 1142-50.
Oosterheert JJ, van Loon AM, Schuurman R, Hoepelman AI, Hak E, Thijsen S, Nossent G, Schneider MM, Hustinx WM, Bonten MJ : Impact of rapid detection of viral and atypical bacterial pathogens by real-time polymerase chain reaction for patients with lower respiratory tract infection. Clin Infect Dis 2005 ; 41 : 1438-44.
Aliberti S, Amir A, Peyrani P, Mirsaeidi M, Allen M, Moffett BK, Myers J, Shaib F, Cirino M, Bordon J, Blasi F, Ramirez JA : Incidence, etiology, timing, and risk factors for clinical failure in hospitalized patients with community-acquired pneumonia. Chest 2008 ; 134 : 955-62.




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