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Structural identification of putative USPs in Catharanthus roseus - 23/09/15

Doi : 10.1016/j.crvi.2015.07.008 
Ahmed Bahieldin a, b, , Ahmed Atef a , Ahmed M. Shokry a, c , Saleh Al-Karim a , Sanaa G. Al Attas a , Nour O. Gadallah a, d , Sherif Edris a, b, e , Magdy A. Al-Kordy a, d , Abdulkader M. Shaikh Omer a , Jamal S.M. Sabir a , Ahmed M. Ramadan a, c , Abdulrahman S.M. Al-Hajar a , Rania M. Makki a , Sabah M. Hassan a, b , Fotouh M. El-Domyati a, b
a Department of Biological Sciences, Faculty of Science, King Abdulaziz University (KAU), P.O. Box 80141, Jeddah 21589, Saudi Arabia 
b Department of Genetics, Faculty of Agriculture, Ain Shams University, Cairo, Egypt 
c Agricultural Genetic Engineering Research Institute (AGERI), Agriculture Research Center (ARC), Giza, Egypt 
d Genetics and Cytology Department, Genetic Engineering and Biotechnology Division, National Research Center, Dokki, Egypt 
e Princess Al-Jawhara Al-Brahim Centre of Excellence in Research of Hereditary Disorders (PACER-HD), Faculty of Medicine, King Abdulaziz University (KAU), Jeddah, Saudi Arabia 

Corresponding author at: Department of Biological Sciences, Faculty of Science, King Abdulaziz University (KAU), P.O. Box 80141, Jeddah 21589, Saudi Arabia.

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Abstract

Nucleotide sequences of the Croseus SRA database were assembled and translated in order to detect putative universal stress proteins (USPs). Based on the known conserved USPA domain, 24 Pfam putative USPA proteins in Croseus were detected and arranged in six architectures. The USPA-like domain was detected in all architectures, while the protein kinase-like (or PK-like), tyrPK-like and/or U-box domains are shown downstream it. Three other domains were also shown to coexist with the USPA domain in Croseus putative USPA sequences. These domains are tetratricopeptide repeat (or TPR), apolipophorin III (or apoLp-III) and Hsp90 co-chaperone Cdc37. Subsequent analysis divided USPA-like domains based on the ability to bind ATP. The multiple sequence alignment indicated the occurrence of eight Croseus residues of known features of the bacterial 1MJH secondary structure. The data of the phylogenetic tree indicated several distinct groups of USPA-like domains confirming the presence of high level of sequence conservation between the plant and bacterial USPA-like sequences.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Keywords : Universal stress proteins, Domain, 1MJH, 1JMV


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Vol 338 - N° 10

P. 643-649 - octobre 2015 Retour au numéro
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