Le foetus humain se développe dans un environnement sans bactéries, il commence à acquérir sa flore commensale muqueuse et cutanée lors de l’accouchement. Chez le nouveau-né, cette flore variera en nombre et en diversité phylogénique en fonction de l’âge, de l’environnement, de la nutrition, pour atteindre 10¹⁴ germes rien que dans l’appareil digestif. Cette flore commensale ou microbiote est essentiellement composée de bactéries, en particulier de 4 phyla, mais également de levures, de champignons et de virus bactériophages, encore peu connus. L’homme abrite donc des microorganismes qu’il tolère, avec lequel il a des interactions, dès la naissance et tout au long de la vie, qui sont essentielles pour l’adaptation à l’environnement et le maintien de l’homéostasie intestinale. Dès la naissance, le microbiote est impliqué dans la mise en place du système immunitaire associé aux muqueuses (MALT). Puis tout au long de la vie, le MALT sera stimulé par le microbiote afin de maintenir une tolérance vis-à-vis de cette flore (lymphocytes Th3, TGF-β, IgA sécrétoires) et une protection contre les germes pathogènes. Dans le cas d’invasion par des germes pathogènes, des réponses effectrices doivent se développer faisant intervenir en particulier les lymphocytes Th17 muqueux et les ILC (innate lymphoid cells), devenant effecteurs dans certains contextes cytokiniques : ces réactions sont transitoires et l’homéostasie est rétablie très rapidement. Une rupture de tolérance muqueuse peut entraîner des réactions inflammatoires chroniques pathologiques.

Human foetus develops in a sterile environment. Mucosal and cutaneous colonisation begins at birth, with acquisition of his mother's vaginal, fecal and cutaneous flora. Age, nutrition, environment introduce quantitative and phylogenic variations in newborn's flora which reaches 10¹⁴ germs in the digestive system. In adults, the commensal flora or microbiota consists essentially of bacteria, in particular of 4 phyla, but also of yeasts and bacteriophage viruses. Physiologically, human develops tolerance against microbiota (Th3 lymphocytes, TGF-β, secretory IgA) and many interactions are essential for adaptation to our environment and preservation of intestinal homeostasis. Microbiota is involved in mucosal immune system (MALT) ontogeny in newborns. Then, throughout the life, MALT will be stimulated by microbiota to maintain tolerance, but also to develop protective immune responses against pathogens, with activation of Th17 lymphocytes and ILC (innate lymphoid cells). These inflammatory reactions are transient, and homeostasis is quickly restored. Otherwise, there is a breakdown of tolerance and development of pathological chronic inflammatory reactions.