L’identification bactérienne est essentielle dans le processus d’un examen bactériologique en donnant au clinicien des informations importantes sur la gravité, l’origine ou le traitement d’une infection. Pour cela, elle doit être à la fois fiable et rapide, certaines circonstances l’exigeant. L’automatisation de l’identification bactérienne a concerné d’abord l’inclusion de tests phénotypiques, biochimiques pour la plupart, dans des supports miniaturisés, avec lecture et interprétation intégrées. On peut citer le Vitek ^®(bioMérieux), le Phoenix^® (BD) et le MicroScan^® (Siemens puis Beckman). Bien que ces automates aient des performances tout à fait acceptables, ils sont limités par des souches parfois peu réactives et par une base de données reflétant difficilement l’hétérogénéité de certaines espèces. C’est notamment le cas pour des espèces nonfermentantes ou avec peu de souches connues. Depuis quelques années, nous assistons à l’avènement de l’utilisation de la spectrométrie de masse Maldi-Tof pour l’identification bactérienne basée sur la différence de masse de protéines cellulaires dont une majorité de protéines ribosomales. Les performances sont supérieures à celle des méthodes phénotypiques et globalement semblables entre les deux systèmes proposés Microflex-Biotyper (Bruker) et Shimadsu-VitekMS (bioMérieux). Quelques espèces phylogénétiquement proches sont difficilement identifiables par cette technologie mais ces problèmes sont habituellement bien répertoriés. La spectrométrie de masse Maldi-tof peut identifier la plupart des espèces avec seulement une souche dans la base de données et le délai du résultat est réduit à quelques minutes. Cette technologie peut aussi être adaptée à l’identification directe à partir de prélèvements comme les hémocultures positives.

The bacterial identification is essential in the process of a bacteriological examination by giving to the clinician of the important information onto the gravity, the origin or the treatment of an infection. For that purpose, it must be both reliable and fast, according to the clinical conditions. The automation of the bacterial identification was based at first on the inclusion of biochemical tests in miniaturized supports, in association with a reading and an interpretation integrated in the system. These systems are the Vitek (bioMérieux), the Phoenix (BD) and the MicroScan (Siemens then Beckman). Although these automations have acceptable performances, they are limited by strains sometimes little reactive and by database reflecting with difficulty the heterogeneity of certain species. It is in particular the case for strictly aerobic species or for species with few reference strains. Since a few years, we attend the advent of the use of the mass spectrometry Maldi-Tof for the identification based on the difference of mass of cellular proteins of which a majority of ribosomal proteins. The performances are superior to that of the phenotypic methods and globally similar between both proposed systems Microflex-Biotyper (Bruker) and Shimadsu-VitekMS (bioMérieux). Some species phylogenetically close are difficult to identify by this technology but these problems are usually well listed. The mass spectrometry Maldi-Tof can identify most of the species with only one strain in the database and the time for the result is reduced to a few minutes. This technology can be also adapted to the direct identification from positive blood cultures.