Le Fichier national automatisé des empreintes génétiques (FNAEG), placé sous le contrôle d'un magistrat du parquet, représente une banque automatisée de donnée génétique qui est largement utilisée dans le domaine pénal pour faciliter l'identification et la recherche des auteurs d'infractions, ainsi que celle de personnes disparues. Le FNAEG était initialement destiné à centraliser les empreintes génétiques issues des traces biologiques ainsi que les empreintes génétiques des personnes condamnées pour certaines infractions. Il a permis, depuis sa création en 1998, de résoudre de nombreuses affaires criminelles, si bien qu'au fil des lois, son champ d'application s'est élargi à des personnes qui n'ont pas été condamnées mais à l'encontre desquelles il existe des indices graves ou concordants rendant vraisemblable qu'elles aient commis certaines infractions. Les officiers de police judiciaire peuvent également faire procéder à un rapprochement de l'empreinte de toute personne à l'encontre de laquelle il existe une ou plusieurs raisons plausibles de soupçonner qu'elle a commis un crime ou un délit. Le FNAEG est un registre confidentiel dont la gestion est soumise à de nombreux contrôles mais qui offre des potentialités qui inquiètent des associations défendant les libertés individuelles.