Inferring Helitron Structures from 1D and 2D Representations Based on the Chaos Game Theory - 28/03/17
, A. Elloumi Oueslati , Z. Lachiri Bienvenue sur EM-consulte, la référence des professionnels de santé.
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Abstract |
This work introduces a new procedure to highlight helitron structures in the C. elegans DNA sequences. In this sense, the DNA strings are converted to numerical representations either in one or two dimensions. As a one dimensional coding, we choose the Frequency Chaos Game Signal (FCGS) which encodes the DNA based on the Chaos Game theory. Afterwards, a time–frequency representation – generated by the complex Morlet wavelet analysis – transforms the obtained signal into a 2D representation. Through the examples furnished in this paper, we demonstrate the accuracy of the method in emphasizing the helitron borders especially with high orders of FCGS. A comparison with the 2D spectrogram representation confirms the obtained results.
Le texte complet de cet article est disponible en PDF.Keywords : Frequency Chaos Game Signal, Complex Morlet wavelet transform, Short-time Fourier transform, Helitrons, C. elegans
Plan
Vol 38 - N° 2
P. 109-117 - avril 2017 Retour au numéro
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