La surveillance virologique des donneurs de sang (DS) positifs pour les virus VIH, VHB et VHC a été introduite dans les activités du CNR sur les dons collectés à partir de 2001. Pour ces 3 virus, le suivi est notamment réalisé par la mesure des charges virales plasmatiques (CV) et le génotypage (gt) par séquençage de plusieurs fragments génomiques (VIH : gp41, RT, protéase ; VHB : POL, preC/C ; VHC : NS5b, NS3).

Pour le VIH, sur 429 échantillons (2001–15), la CV moyenne était de 5logcp/mL (1,0–6,9), 6 souches étaient des VIH-2 et 1 VIH-1gO. Parmi les 349 souches étudiées (2005-15), le gt B est majoritaire (69,3 %), suivi du CRF_02 (16,9). La part des donneurs infectés dans les 6 mois avant le don (33,8 %), déterminée par le test d’infection récente, ne varie pas en fonction du gt.

Pour le VHB, sur 2779 échantillons testés (2005–15), la CV moyenne était de 7logUI/mL (0,7–9,0). Parmi les 2617 souches étudiées, 42,6 % étaient des gtD, suivis par les gtA (27,3 %) et E (18,2 %) puis les gt B (5,7 %), C (5,5 %) et F (0,6 %). Six pour cent des souches portaient au minimum une mutation décrite comme pouvant affecter le dépistage de l’AgHBs.

Pour le VHC, sur 783 échantillons testés (2007–15), la CV moyenne était de 6,4log UI/m (1,4–7,5). Parmi 1780 souches (2001–2015), la distribution des gt est la suivante : gt1a : 30,4 %, gt1b : 26,1 %, gt3 : 21,5 %, gt2 : 11,2 %, gt4 : 8,8 %, gt5 : 1,7 %, gt6 : 0,3 %.

Pour ces 3 virus, la répartition des génotypes reste stable dans le temps. La surveillance virologique dans la population des DS permet d’une part d’identifier les émergences virales qui pourraient avoir impact sur la sécurité transfusionnelle et d’autre part de constituer une biothèque utile à la veille technologique.