La maladie de Crohn (MC), est une maladie inflammatoire chronique intestinale, d’origine multifactorielle, impliquant potentiellement une dérégulation de la réaction immunitaire muqueuse vis-à-vis d’un microbiote intestinal déséquilibré sous l’influence de facteurs environnementaux et génétiques. L’objectif de notre travail était de caractériser le microbiote fongique, conjointement au microbiote bactérien au cours de formes familiales de MC.

Nous avons utilisé une plateforme de séquençage à haut débit (Ion torrent PGM) pour caractériser le microbiote fécal (fongique et bactérien), échantillonné dans 9 familles multiplexes atteints de MC (20 patients, et 28 parents sains de premier degré), et 4 familles contrôles (21 individus sains non apparentés). Une étude bioinformatique a été réalisée pour analyser l’abondance, la biodiversité, et les interactions microbiennes.

Le microbiote fécal des membres issus des familles multiplexes était statistiquement différent de celui des membres issus des familles contrôles. L’analyse en composante principale a montré qu’au sein des familles multiplexes, les patients MC et sujets sains apparentés partageaient un répertoire fongique commun. Les patients MC avaient en revanche un microbiote enrichi en Candida tropicalis, Escherichia coli et en Serratia marcescens, et appauvri en bactéries bénéfiques (Faecalibacterium prausnitzii). De plus les taux d’ASCA (anticorps anti-S. cerevisiae), marqueur sérologique de la MC étaient corrélés à la présence de C. tropicalis (p=0,01). Enfin, nous avons mis en évidence une synergie entre C. tropicalis, E. coli et S. marcescens, suggérant une interaction microbienne in vivo pouvant participer à l’aggravation de l’inflammation intestinale. Ces données ont été validées par la suite in vitro avec un modèle de biofilm impliquant ces trois espèces.

Dans ces formes familiales de MC, la dysbiose et les interactions microbiennes entre bactéries et champignons pourraient contribuer à l’aggravation de la réponse inflammatoire au cours de la maladie.