Dès que le diagnostic d'embolie pulmonaire est posé, le médecin doit évaluer la gravité en stratifiant les patients sur leurs risques de complications et de mortalité. Des algorithmes ont été développés afin de guider le clinicien dans ces choix thérapeutiques, de lieux de prises en charge (hospitalisation ou filière de soins ambulatoires) et de surveillance (unité classique ou unité intensive). Cette analyse du risque est primordiale. Le principal critère de gravité (définissant les embolies pulmonaires à haut risque) est le retentissement hémodynamique sur le ventricule droit de l'embolie pulmonaire provoquant une hypotension artérielle. Des outils d'aide à la stratification ont été développés à partir d'éléments cliniques (pulmonary embolism severity index) ou paracliniques (dilatation du ventricule droit, troponine, BNP [brain natriuretic peptide], etc.). De cette stratification du risque découlent les stratégies thérapeutiques allant d'un traitement invasif avec admission en réanimation à un traitement oral à domicile. Un des enjeux est le développement de filière de soins ambulatoires pour les patients ayant une embolie pulmonaire non grave permettant un suivi rapproché après la prise en charge aux urgences.