Distribution d’Helicobacter pylori : où et comment biopsier pour détecter l’infection et l’antibiorésistance ? - 22/08/20
Résumé |
Introduction |
Helicobacter pylori (H. pylori) est une bactérie à Gram négatif infectant chroniquement la muqueuse gastrique d’environ la moitié de la population humaine dans le monde. Généralement asymptomatique, cette infection est responsable d’une gastrite chronique pouvant évoluer vers un ulcère gastro-duodénal, un adénocarcinome et un lymphome du tissu lymphoïde associé à la muqueuse gastrique. L’infection par H. pylori est considérée comme hétérogène dans sa distribution dans la muqueuse gastrique avec une prédominance antrale. Le but de cette étude était de déterminer la distribution gastrique intra-hôte (densité et diversité) et les caractéristiques génomiques (virulome et résistome) de l’infection à H. pylori.
Matériels et méthodes |
Les estomacs de trois patients obèses ont été prélevés après une gastrectomie subtotale, révélant une gastrite chronique asymptomatique associée à H. pylori. La densité de H. pylori a été déterminée en utilisant culture et qPCR sur plusieurs sites gastriques (n=100 biopsies par patient). La diversité des souches de H. pylori a été détectée par culture (test de sensibilité aux antibiotiques), biologie moléculaire (PCR, recherche du gène de virulence cagA) et séquençage à haut débit (NGS, NextSeq550).
Résultats |
H. pylori a été détecté dans presque tous les sites analysés (354/365 biopsies ; 97 %, les biopsies négatives étant aléatoirement réparties). Par méthode conventionnelle (PCR/culture), deux patients présentaient des prélèvements positifs pour H. pylori résistant à la clarithromycine et un pour un isolat résistant au métronidazole. Une répartition hétérogène en proportion de sous-population résistante est retrouvée par NGS. De même, une souche positive cagA a été trouvée chez deux patients (dont un infecté à la fois par des souches positives et des souches négatives).
Conclusion |
Il est démontré que l’infection par H. pylori se distribue à toute la surface de l’estomac avec une sous-population très faible de clones résistants aux antibiotiques, indétectable dans la pratique courante. Il peut donc être justifié d’utiliser des technologies de NGS en routine pour l’adaptation thérapeutique en cas de situation clinique particulières.
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Vol 50 - N° 6S
P. S123 - septembre 2020 Retour au numéro
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