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Predictive Analytics for Glaucoma Using Data From the All of Us Research Program - 03/06/21

Doi : 10.1016/j.ajo.2021.01.008 
Sally L. Baxter a, b, , Bharanidharan Radha Saseendrakumar a, b, Paulina Paul b, Jihoon Kim b, Luca Bonomi b, Tsung-Ting Kuo b, Roxana Loperena c, Francis Ratsimbazafy c, Eric Boerwinkle d, Mine Cicek e, Cheryl R. Clark f, Elizabeth Cohn g, Kelly Gebo h, Kelsey Mayo c, Stephen Mockrin j, Sheri D. Schully i, Andrea Ramirez k, Lucila Ohno-Machado b, l
on behalf of the

All of Us Research Program Investigators

a From the Viterbi Family Department of Ophthalmology and Shiley Eye Institute, University of California San Diego, (S.L.B., B.R.S.), La Jolla, California 
b UCSD Health Department of Biomedical Informatics, University of California San Diego, (S.L.B., B.R.S., P.P., J.K., L.B., T.-T.K., L.O.-M.), La Jolla, California 
c Vanderbilt Institute for Clinical and Translational Research, Vanderbilt University Medical Center, Nashville, Tennessee (R.L., F.R.) 
d School of Public Health, The University of Texas Health Science Center at Houston, Houston, Texas (E.B.) 
e Department of Laboratory Medicine and Pathology, Mayo Clinic, Rochester, Minnesota (M.C.) 
f Department of Medicine, Brigham and Women's Hospital, Boston, Massachusetts (C.R.C.) 
g Hunter-Bellevue School of Nursing, Hunter College City University of New York, New York, New York (E.C.) 
h Department of Medicine, Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore, MD, Maryland 
i All of Us Research Program, National Institutes of Health, Bethesda (K.M., S.S.), Bethesda, Maryland 
j Life Sciences Division, Leidos, Inc, Frederick, (S.M.), Maryland 
k Department of Medicine, Vanderbilt University Medical Center, Nashville, Tennessee (A.R.) 
l Division of Health Services Research and Development, Veterans Affairs San Diego Healthcare System, La Jolla, California (L.O.-M.), USA 

Inquiries to Sally L. Baxter, Viterbi Family Department of Ophthalmology and Shiley Eye Institute, University of California San Diego, 9415 Campus Point Dr, MC 0946, La Jolla, CA 92093-0946, USA.Viterbi Family Department of Ophthalmology and Shiley Eye InstituteUniversity of California San Diego9415 Campus Point Dr, MC 0946La JollaCA92093-0946USA

Résumé

Purpose

To (1) use All of Us (AoU) data to validate a previously published single-center model predicting the need for surgery among individuals with glaucoma, (2) train new models using AoU data, and (3) share insights regarding this novel data source for ophthalmic research.

Design

Development and evaluation of machine learning models.

Methods

Electronic health record data were extracted from AoU for 1,231 adults diagnosed with primary open-angle glaucoma. The single-center model was applied to AoU data for external validation. AoU data were then used to train new models for predicting the need for glaucoma surgery using multivariable logistic regression, artificial neural networks, and random forests. Five-fold cross-validation was performed. Model performance was evaluated based on area under the receiver operating characteristic curve (AUC), accuracy, precision, and recall.

Results

The mean (standard deviation) age of the AoU cohort was 69.1 (10.5) years, with 57.3% women and 33.5% black, significantly exceeding representation in the single-center cohort (P = .04 and P < .001, respectively). Of 1,231 participants, 286 (23.2%) needed glaucoma surgery. When applying the single-center model to AoU data, accuracy was 0.69 and AUC was only 0.49. Using AoU data to train new models resulted in superior performance: AUCs ranged from 0.80 (logistic regression) to 0.99 (random forests).

Conclusions

Models trained with national AoU data achieved superior performance compared with using single-center data. Although AoU does not currently include ophthalmic imaging, it offers several strengths over similar big-data sources such as claims data. AoU is a promising new data source for ophthalmic research.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

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Vol 227

P. 74-86 - juillet 2021 Retour au numéro
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