Le coliti microscopiche (CM), collagenosica (CC) e linfocitica (CL), rappresentano un'entità patologica che causa diarrea secretoria cronica con colon endoscopicamente normale. La diagnosi è istologica e si ottiene mediante l'esame di biopsie del colon a più profondità. La CC è definita da un ispessimento del collagene della membrana basale epiteliale maggiore di 10 μm e la CL da un aumento del livello di linfociti intraepiteliali (LIE) maggiore di 20 per 100 cellule epiteliali. Recentemente, è stata definita nei pazienti sintomatici una terza entità, la colite microscopica incompleta (CMi) caratterizzata o da un ispessimento del collagene della membrana basale epiteliale insufficiente per porre la diagnosi di CC o da un aumento del numero di LIE insufficiente per porre la diagnosi di CL. L'incidenza annuale delle CM è in costante aumento e la prevalenza delle CM varia dal 10% al 14% nei pazienti con diarrea di durata superiore a tre settimane e colon endoscopicamente normale. Il quadro clinico delle CM è molto simile a quello della sindrome dell'intestino irritabile con diarrea. La causa farmacologica e la disimmunità sono i principali fattori associati alle CM, essendo stata notata un'associazione privilegiata con la celiachia. Sebbene possano verificarsi rare complicanze durante il loro decorso, le CM sono condizioni benigne che possono progredire fino alla remissione. Dal punto di vista terapeutico, è necessario prima escludere una causa farmacologica, con la sospensione del farmaco che consente la guarigione della colite, e una possibile celiachia associata. Negli altri casi, la budesonide è il trattamento di scelta per le forme più gravi resistenti ai consueti trattamenti sintomatici.