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Best Practice for Clinical Somatic Variant Interpretation and Reporting - 21/09/22

Doi : 10.1016/j.cll.2022.04.006 
Jeffrey Schubert, PhD a, 1, Jinhua Wu, PhD a, 1, Marilyn M. Li, MD a, b, c, Kajia Cao, PhD a,
a Division of Genomic Diagnostics, Department of Pathology & Laboratory Medicine, The Children’s Hospital of Philadelphia, 3615 Civic Center boulevard, 706 ARC, Philadelphia, PA 19104, USA 
b Perelman School of Medicine, University of Pennsylvania, Philadelphia, PA, USA 
c Department of Pediatrics, Children’s Hospital of Philadelphia, Philadelphia, PA, USA 

Corresponding author.

Résumé

Because the clinical impact of cancer genomics is being increasingly recognized, tumor sequencing will likely continue to expand in breadth and scope. Therefore, it is vital for laboratory professionals to adopt the Association for Molecular Pathology, American Society of Clinical Oncology, and College of American Pathologists guidelines and create a standardized system of classification and nomenclature for somatic variants. Combining robust bioinformatics pipelines with thorough data analysis is necessary to efficiently and reproducibly identify and assess the impact of clinically relevant variants.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Keywords : Somatic variant classification, Reporting criteria, Variant oncogenicity, Clinical impact


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Vol 42 - N° 3

P. 423-434 - septembre 2022 Retour au numéro
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