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Microarray d’ADN et profils d’expression des gènes : Première partie : concept, fabrication et mise en œuvre - 07/05/08

Doi : 10.1016/j.immbio.2008.03.003 
M. Bogard a, , N. Ameziane b, J. Lamoril c
a Laboratoire de biochimie et biologie moléculaire, centre hospitalier de Meaux, 77100 Meaux, France 
b Laboratoire de biologie polyvalente, centre hospitalier de Sens, 89100 Sens, France 
c Laboratoire de biochimie et génétique moléculaire, hôpital Louis-Mourier, 178, rue des Renouillers, 92700 Colombes, France 

Auteur correspondant.

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Résumé

Les analyses des profils d’expression des gènes sont basées sur un support bien défini, celui de microarrays d’ADN ou ADNc comportant des acides nucléiques immobilisés de manière ordonnée sur une surface plane. Cette configuration permet notamment l’analyse en parallèle de l’expression des milliers de gènes extraits d’un échantillon biologique. Cette revue a pour objectif de décrire le concept, les méthodes de fabrication des microarrays, leur usage, ainsi que l’analyse des données obtenues aboutissant à l’identification des profils d’expression de gènes spécifiques d’un échantillon biologique dans un contexte particulier. La normalisation est une étape cruciale de l’analyse des données obtenues dans l’expérimentation. Elle fournit des données corrigées fiables, utilisées pour établir des profils d’expression de gènes et des clusters hiérarchisés par analyse bioinformatique.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Summary

DNA microarray-based gene expression profiling relies on nucleic acid hybridization and the use of nucleic acid immobilized on a solid surface. Expression profiling techniques have been used to simultaneously monitor the expression of thousands genes from biological samples. They are relatively easy to use and can be applied to large number of samples in parallel. Various computational tools have been created to facilitate the analysis of the large volume of data produced in DNA microarray experiments. Normalization is a critical step for obtaining data that are reliable and usable for subsequent analysis such as identification of differentially expressed genes and clustering. We describe here, the different microarray technologies, their use and the different ways to express the data as genes expression patterns.

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Mots clés : Microarray, Profil d’expression de gènes, Cluster, Normalisation

Keywords : Microarray, Gene expression patterns, Cluster, Normalization


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Vol 23 - N° 2

P. 71-88 - avril 2008 Retour au numéro
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