Les déterminants de sensibilité et de résistance aux inhibiteurs des points de contrôle immunitaires (ICIs) sont mal compris. Une machinerie de présentation antigénique (MPA) HLA de classe-I intacte est nécessaire pour la reconnaissance de l’antigène tumoral par les lymphocytes T CD₈. Des perturbations dans la MPA peuvent entraîner une résistance aux ICIs. Le CCP est composé de plusieurs protéines chaperons situées dans le réticulum endoplasmique dans lequel Tapasin (Tap), Calreticulin (CalR) et ERp57 jouent des rôles majeurs. Le CCP permet une sélection et un chargement optimaux des peptides sur la chaîne lourde HLA de classe-I et est essentiel pour une présentation adéquate des complexes peptide-HLA à la surface cellulaire. Nous avons étudié la fréquence et l’impact clinique des altérations du CCP dans les cellules cancéreuses dans le CBNPC.

Afin de mesurer de manière simultanée et spatiale les niveaux des protéines cytokératine (CK), Tap, CalR, ERp57 et CD₈ dans 1031 échantillons de CBNPC provenant de 5 cohortes indépendantes représentées dans des TMAs, nous avons réalisé de l’immunofluorescence quantitative multiplexe (mQIF). Le niveau des marqueurs a été mesuré dans les cellules cancéreuses (CK+) et dans les cellules stromales (CK–). Une intensité de fluorescence plus basse dans les cellules CK+ par rapport aux cellules CK– dans le même échantillon a été considérée comme une régulation négative sélective (RNS) des protéines dans les cellules cancéreuses. Les cohortes #1–3 comprenaient des échantillons diagnostics de patients n’ayant pas reçus d’ICIs et la cohorte #4 comprenait des échantillons diagnostics de patients traités par ICIs. La cohorte #5 contenait des échantillons spécifiquement annotés pour les mutations EGFR et KRAS.

L’analyse par mQIF a identifié une RNS par les cellules CK+ des protéines Tap, CalR et/ou ERp57 dans 73 %, 81 %, 68 % et 75 % des cas respectivement dans les cohortes #1–4. L’altération la plus fréquente du CCP était la RNS par les cellules CK+ pour Tap seule dans les cohortes #1 (32 %), #3 (34 %) et #4 (36 %) et Tap-CalR dans la cohorte #2 (29 %). Les niveaux de Tap et d’ERp57 étaient significativement plus élevés au stade IV qu’aux stades précoces. Les niveaux des marqueurs du CCP et la fréquence de la RNS par les cellules cancéreuses étaient comparables entre les échantillons mutés pour EGFR et KRAS. Les CBNPC avec une RNS par les cellules CK+ pour Tap présentaient une infiltration de lymphocytes T CD₈ réduite et une survie globale plus courte, atteignant une significativité statistique dans la cohorte #4 (survie médiane de 12,08 vs 21,00 mois, HR=0,581, IC à 95 % 0,346–0,976, p=0,034). La RNS par les cellules CK+ pour CalR était associée à une survie plus courte dans les cohortes #1 et #3.

Les composants du CCP présentent des niveaux variables dans les CBNPC. La RNS par les cellules CK+ pour Tap, seule ou en association avec d’autres composants du CCP, survient dans ∼60 % des cas et est associée à une réduction de l’infiltration des lymphocytes T CD₈ et à une survie plus courte, surtout chez les patients traités par ICIs. La RNS par les cellules CK+ pour Tap pourrait médier la résistance primaire aux ICIs. Des analyses fonctionnelles complémentaires sont en cours.