La bronchiolite est la principale infection respiratoire chez le nourrisson, dont l’agent étiologique principal est le virus respiratoire syncytial (VRS) contre lequel il n’existe pas de vaccins. La sensibilité du nourrisson à l’infection par le VRS est intrinsèquement liée aux caractéristiques de la muqueuse pulmonaire en période périnatale qui évoluent avec la mise en place de l’immunité et la colonisation du poumon par un microbiote bactérien. Bien que décrit pour le microbiote intestinal, le rôle du microbiote pulmonaire sur la maturation de l’immunité de la muqueuse pulmonaire, et donc sur la trajectoire de la santé respiratoire reste peu décrit. Notre étude vise à évaluer si l’absence de microbiote en période périnatale modifie la réplication virale et la réponse immunitaire pulmonaire déclenchée par l’infection VRS. La compréhension des interactions précoces entre le microbiote et la muqueuse pulmonaire pourrait contribuer au développement de nouvelles approches visant à renforcer la réponse immunitaire et ainsi limiter la sévérité de l’infection par le VRS en période néonatale.

(1) Infection de souriceaux C57BL/6 dépourvus de flore (animaux axéniques) ou issus de géniteurs colonisés par une flore bactérienne (animaux colonisés) par une souche de VRS recombinant exprimant la luciférase (VRS-Luc).

(2) Mesure du niveau de réplication virale (bioluminescence et qPCR) et de la réponse immunitaire pulmonaire (infiltration cellulaire dans les lavages bronchoalvéolaires [LBA] et qPCR sur les gènes dépendants des interférons de type 1 [ISG]) à j₁, j₂ et j₄ post-infection.

Les animaux axéniques montrent une augmentation du niveau de réplication virale entre j₁ et j₄ post-infection par détection de bioluminescence et par qPCR. À l’inverse, les animaux colonisés présentent une diminution du signal entre j₁ et j₄ post-infection. L’infiltration cellulaire dans les LBA des animaux axéniques est augmentée par rapport à celle quantifiée dans les animaux colonisés. L’expression des ISG (IRF7, ISG15 ou OAS) analysée par qPCR est augmentée à j₄ post-infection chez les animaux colonisés, alors que celle des animaux colonisés est induite dès j₁ post-infection.

L’absence de flore bactérienne s’accompagne de différences chez le souriceau dans la cinétique de réplication virale et dans la mise en place de la réponse immunitaire lors d’une infection par le VRS. La caractérisation des cellules immunitaires de la muqueuse pulmonaire est prévue afin d’identifier un partenaire cellulaire important dans la défense antivirale influencé par la présence d’un microbiote en période néonatale.