La déficience intellectuelle (DI) est la cause la plus fréquente d'orientation vers les centres de génétique pédiatrique car elle touche environ 1 à 3 % de la population générale et se caractérise par une grande hétérogénéité génétique. Grâce au développement des technologies de séquençage de nouvelle génération en France, le séquençage du génome est apparu comme une opportunité pour améliorer le taux diagnostique des patients atteints de déficience intellectuelle (DI). Afin d'aider les autorités sanitaires françaises à déterminer un tarif adéquat pour le séquençage du génome pour l'analyse en solo (GSS) et pour l'analyse en trio (GST), nous avons estimé le coût unitaire d'une analyse diagnostique de la DI reposant sur le séquençage du génome.

: Une approche en micro-costing en « bottom-up » a été réalisée pour l'année 2021 dans le cadre de l’étude pilote DEFIDIAG (NCT04154891) du Plan France Médecine Génomique (PFMG) 2025. L'horizon temporel pour l'estimation des coûts a débuté à partir de la préparation de l'étape pré-analytique jusqu'à la rédaction du rapport envoyé au généticien. Pour chacune des étapes, l'ensemble des ressources nécessaires (personnel, équipements, matériels jetables et réactifs, matériel réutilisable) ont été collectées à partir de grilles qui avaient été construites par l’équipe du Centre d'investigation clinique Inserm 1432 lors de l’étude de micro-costing portant sur l'exome dans le cadre du projet médico-économique DISSEQ. La collecte des données et leur valorisation monétaire ont été réalisées en collaboration avec l’équipe GAD (Inserm UMR 12131, Dijon), l'IGMA (Institut de génétique médicale d'Alsace), le laboratoire de l'hôpital Necker (AP-HP), la BIPD (Plateforme de bioinformatique, Paris Descartes) et le Centre national de recherche en génomique humaine (CNRGH, Evry). L'analyse a été menée du point de vue de ces acteurs. Des analyses de sensibilités ont été menées afin de tenir compte de l'hétérogénéité des trois protocoles de pré-analytique de l’étude et de l’évolution des prix des consommables.

Le coût unitaire par analyse diagnostique a été estimé à 2454 € pour le GSS et 4908 € pour le GST. Les principaux postes de dépenses étaient le personnel (43,6 % pour le GSS et 25,5 % pour le GST) et les réactifs et matériels jetables (31 % et 46,3 % respectivement). L'étape analytique (de la préparation des librairies à l'analyse des séquences) représentait 76,5 % du coût total du GSS et 82,5 % du GST. L'analyse de sensibilité portant sur les protocoles de pré-analytique faisait varier le coût unitaire entre 2432 € et 2474 € pour le GSS et entre 4876 € et 4952 € pour le GST. La baisse simultanée de 30 % du prix des kits de capture et de 50 % de celui des flowcells étaient associés à des coûts unitaires de 024 € pour le GSS et 3619 € pour le GST.

Il s'agit de la première estimation du coût du GS dans le contexte français pour le diagnostic de la DI. L'estimation est particulièrement influencée par le prix des consommables. Plus généralement, l'organisation et la taille des centres impliqués dans les différentes étapes de l'analyse et la période à laquelle l'étude a été menée ont un impact important sur les résultats de l'analyse. Ces informations peuvent maintenant être utilisées pour définir un tarif adéquat et permettre la réalisation d'une étude coût-efficacité qui est l'un des objectifs de DEFIDIAG.