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The R-Vessel-X Project - 17/01/25

Doi : 10.1016/j.irbm.2025.100876 
Abir Affane a, Mohamed A. Chetoui a, Jonas Lamy b, Guillaume Lienemann c, Raphaël Peron c, Pierre Beaurepaire a, Guillaume Dollé d, Marie-Ange Lebre a, Benoît Magnin c, Odyssée Merveille e, Mathilde Morvan a, Phuc Ngo f, Thibault Pelletier g, Hugo Rositi f, Stéphanie Salmon d, Julien Finet g, Bertrand Kerautret b, Nicolas Passat h, Antoine Vacavant a,
a Université Clermont Auvergne, Clermont Auvergne INP, CNRS, Institut Pascal, F-63000 Clermont-Ferrand, France 
b Université Lumière Lyon 2, CNRS, Ecole Centrale de Lyon, INSA Lyon, Universite Claude Bernard Lyon 1, LIRIS, UMR5205, 69007 Lyon, France 
c Université Clermont Auvergne, Clermont Auvergne INP, CHU Clermont-Ferrand, CNRS, Institut Pascal, F-63000 Clermont-Ferrand, France 
d Université de Reims Champagne Ardenne, CNRS, LMR, UMR 9008, Reims, France 
e Univ Lyon, INSA-Lyon, Université Claude Bernard Lyon 1, UJM-Saint Etienne, CNRS, Inserm, CREATIS UMR 5220, U1294, F-69100, Lyon, France 
f Université de Lorraine, CNRS, LORIA, 54000, Nancy, France 
g Kitware SAS, Villeurbanne, France 
h Université de Reims Champagne Ardenne, CRESTIC, Reims, France 

Corresponding author.

Abstract

1) Objectives: This technical report presents a synthetic summary and the principal outcomes of the project R-Vessel-X (“Robust vascular network extraction and understanding within hepatic biomedical images”) funded by the French Agence Nationale de la Recherche, and developed between 2019 and 2023. 2) Material and methods: We used datasets and tools publicly available such as IRCAD, Bullitt or VascuSynth to obtain real or synthetic angiographic images. The main contributions lie in the field of 3D angiographic image analysis: filtering, segmentation, modeling and simulation, with a specific focus on the liver. 3) Results: We paid a particular attention to open-source software diffusion of the developed methods, by means of 3D Slicer plugins for the liver anatomy segmentation (SlicerRVXLiverSegmentation) and vesselness filtering (SlicerRVXVesselnessFilters), and an online demo for the generation of synthetic and realistic vessels in 2D and 3D (OpenCCO). 4) Conclusion: The R-Vessel-X project provided extensive research outcomes, covering various topics related to 3D angiographic image analysis, such as filtering, segmentation, modeling and simulation. We also developed open-source and free softwares so that the research communities in biomedical engineering can use these results in their future research.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Keywords : Image analysis, Angiographic images, Vessels, Hepatic vasculature, Open-source software


Plan


 The research leading to these results was funded by the French Agence Nationale de la Recherche (Grant Agreement ANR-18-CE45-0018).


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Vol 46 - N° 1

Article 100876- février 2025 Retour au numéro
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  • IMU Calibration Effect on Lower Limbs Kinematics Against Optical Motion Capture in Post-Stroke Gait
  • Ariane P. Lallès, Geoffroy Moucheboeuf, Emilie Doat, Hélène Pillet, Xavier Bonnet
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  • Leveraging Action Unit Derivatives for Early-Stage Parkinson's Disease Detection
  • Anas Filali Razzouki, Laetitia Jeancolas, Graziella Mangone, Sara Sambin, Alizé Chalançon, Manon Gomes, Stéphane Lehéricy, Jean-Christophe Corvol, Marie Vidailhet, Isabelle Arnulf, Dijana Petrovska-Delacrétaz, Mounim A. El-Yacoubi

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