Les antifongiques utilisés par voie systémique comprennent les polyènes (amphotéricine et ses formulations lipidiques), les azolés (fluconazole, itraconazole, posaconazole, voriconazole, isavuconazole), les échinocandines (caspofungine, micafungine, anidulafungine), la flucytosine et la terbinafine. Les paramètres à prendre en compte pour le choix d'un antifongique systémique sont le spectre d'activité, les paramètres pharmacocinétiques et pharmacodynamiques, le profil de tolérance, les interactions médicamenteuses et les modalités d'administration. L'amphotéricine et les échinocandines ne peuvent être administrées que par voie intraveineuse, alors que le fluconazole, le posaconazole, le voriconazole et l'isavuconazole sont disponibles par voie intraveineuse et par voie orale. Les infections fongiques invasives surviennent fréquemment chez des patients immunodéprimés, chez lesquels l'épidémiologie des infections fongiques évolue, influençant les modalités des traitements préventifs et curatifs. De nouveaux antifongiques sont en cours de développement, notamment pour les situations d'échec des antifongiques actuellement disponibles, ou permettant une amélioration des voies d'administration.