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A prospective cohort study of the rectal microbiome in patients with suspected appendicitis - 09/09/25

Doi : 10.1016/j.clinre.2025.102675 
Siv Fonnes a, , Sarah Mollerup b, Sarah Juel Paulsen b, Andreas Munk Petersen b, c, d, Barbara Juliane Holzknecht d, e, Henrik Westh b, d, Jacob Rosenberg a, d
a Centre for Perioperative Optimisation, Department of Surgery, Copenhagen University Hospital – Herlev and Gentofte, Borgmester Ib Juuls Vej 1, DK-2730 Herlev, Denmark 
b Department of Clinical Microbiology, Copenhagen University Hospital – Amager and Hvidovre, Kettegård Alle 30, DK-2650 Hvidovre, Denmark 
c Gastrounit, Medical Section, Copenhagen University Hospital – Amager and Hvidovre, Hvidovre, Kettegård Alle 30, DK-2650 Hvidovre, Denmark 
d Department of Clinical Medicine, University of Copenhagen, Blegdamsvej 3B, DK-2200 Copenhagen N, Denmark 
e Department of Clinical Microbiology, Copenhagen University Hospital - Herlev and Gentofte, Borgmester Ib Juuls Vej 1, DK-2730 Herlev, Denmark 

Corresponding author at: Centre for Perioperative Optimisation, Department of Surgery, Copenhagen University Hospital – Herlev and Gentofte, Borgmester Ib Juuls Vej 1, DK-2730 Herlev, Denmark.Centre for Perioperative OptimisationDepartment of SurgeryCopenhagen University Hospital – Herlev and GentofteBorgmester Ib Juuls Vej 1HerlevDK-2730Denmark

Highlights

Appendicitis and its severity are difficult to diagnose, though it is common.
Microbiome studies point to dysbiosis in the appendix during appendicitis.
The dysbiosis might spread down to the rectum, which could have diagnostic potential.
The best technique, shotgun metagenomics, was used in more than 200 patients.
Signals of appendicitis and severity were not detected in the rectum.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Abstract

Purpose

Diagnosing appendicitis is difficult. An infectious origin has been proposed, therefore signals from the microbiome could be a potential diagnostic measure. The aim was to evaluate the diagnostic potential of the rectal microbiome in patients with suspected appendicitis.

Methods

We included adult Danish patients with suspected appendicitis undergoing appendectomy in a prospective, observational cohort study. Patients were first grouped as patients with and without appendicitis according to histopathological findings, and second, as having uncomplicated or complicated appendicitis according to the surgical report. Rectal swabs were analysed with shotgun metagenomics. The outcomes were alpha diversity, beta diversity, and differential abundance of bacteria.

Results

Rectal swabs from 220 patients were analysed: 49 patients without appendicitis, 111 patients with uncomplicated and 60 patients with complicated appendicitis, respectively. Across all groups, both the alpha and beta diversity were similar. The relative abundance of bacterial genera and species was also similar across all groups. Thus, the three groups of patients had similar rectal microbiomes.

Conclusion

The rectal microbiome in adult patients with suspected appendicitis was similar and does not seem to have the potential to be used to diagnose neither appendicitis nor the severity of appendicitis preoperatively.

Trial registration

NCT03349814 (clinicaltrials.gov)

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Graphical abatract




Image, graphical abstract

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Keywords : Microbiome, Appendicitis, Diagnosis, Clinical trial


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Vol 49 - N° 8

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