La présence dans le sérum d'autoanticorps (Ac) spécifiques est un élément important dans le diagnostic des maladies auto-immunes du foie, en particulier les hépatites auto-immunes et la cholangite biliaire primitive. Deux Ac permettent en pratique le diagnostic de la cholangite biliaire primitive : les Ac antimitochondries de type 2 et les Ac anti-gp210 des pores nucléaires. L'hépatite auto-immune de type 1 se caractérise par la présence d'Ac antinucléaires, anti-muscle lisse de spécificité antiactine et anti-antigène soluble du foie (anti-SLA) ; l'hépatite auto-immune de type 2, par la présence d'Ac anti-microsomes de foie et de rein de type 1 (anti-LKM1), anti-cytosol hépatique de type 1 (anti-LC1). Certains Ac sont des marqueurs de sévérité (anti-SLA, anti-gp210, anti-récepteurs à l'asialoglycoprotéine), d'autres peuvent être utiles en suivi de traitement (anti-LKM1, anti-LC1). Cependant, leur présence ne signifie pas nécessairement l'existence d'une hépatopathie auto-immune. Ces Ac peuvent également s'observer dans des pathologies hépatiques non auto-immunes, telles que les hépatites médicamenteuses, les cancers, les hépatites virales, ou lors d'un rejet d'allogreffe hépatique. L'hépatite virale C, qui s'accompagne fréquemment de désordres immunitaires non spécifiques et parfois de phénomènes d'auto-immunité, représente maintenant, du fait de la fréquence de la maladie, la première étiologie à l'origine d'Ac en pathologie hépatique, les plus fréquents étant les Ac anti-muscle lisse (non-actine) et les Ac antinucléaires.