Les bacilles anaérobies à Gram positif ont connu de profonds remaniements taxonomiques. L'identification est possible pour la plupart des espèces par spectrométrie de masse, mais parfois l'identification doit faire appel à des méthodes de biologie moléculaire. Parmi les bacilles sporulés, le genre Clostridium comporte des espèces d'intérêt médical majeur ( C. tetani , C. botulinum , C. perfringens ). La grande majorité des Clostridium est sensible aux pénicillines et au métronidazole. Parmi les bacilles non sporulés, les Actinomyces sont responsables de suppurations aiguës ou chroniques sévères caractérisées par la formation de grains au niveau des tissus. Les Cutibacterium sont des commensaux cutanés qui peuvent devenir pathogènes opportunistes responsables d'infections ostéoarticulaires, de bactériémies, d'endocardites ou d'abcès du cerveau. Les bactéries des genres Actinomyces et Cutibacterium sont naturellement résistantes au métronidazole. De nombreux autres genres au sein des bacilles non sporulés peuvent participer à des infections diverses, le plus souvent polymicrobiennes. Le groupe des cocci anaérobies à Gram positif (CAGP) a également connu de profonds remaniements taxonomiques. La quasi-totalité des espèces initialement classées dans le genre Peptostreptococcus a été reclassée dans différents genres, parmi lesquels Finegoldia , Parvimonas , Anaerococcus et Peptoniphilus , sont identifiés le plus fréquemment. Deux espèces en particulier sont reconnues comme des pathogènes opportunistes importants chez l'homme, Parvimonas micra et Finegoldia magna , cette dernière espèce occupant une place particulière au sein des CAGP du fait de sa prévalence dans les infections humaines, de sa virulence et de sa résistance aux antibiotiques.