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Transcriptome-wide association study of sex effects identifies sex-specific nasal epithelial gene expression profiles for total IgE - 05/05/26

Doi : 10.1016/j.jaci.2025.12.1003 
Molin Yue, PhD a, b, Yidan Sun, MS c, d, Yueh Ying Han, PhD a, Glorisa Canino, PhD e, Erick Forno, MD, MPH, ATSF a, Judith M. Vonk, PhD c, d, f, Elin T.G. Kersten, MD, PhD c, d, Wei Chen, PhD, ATSF a, b, Gerard H. Koppelman, MD, PhD c, d, Juan C. Celedón, MD, DrPH a, ⁎
a Division of Pediatric Pulmonary Medicine, UPMC Children’s Hospital of Pittsburgh, University of Pittsburgh, Pittsburgh, Pa 
b Department of Biostatistics, School of Public Health, University of Pittsburgh, Pittsburgh, Pa 
c Department of Pediatric Pulmonology and Pediatric Allergology, Beatrix Children’s Hospital, Groningen, The Netherlands 
d Groningen Research Institute on Asthma and COPD, University of Groningen, University Medical Center Groningen, Groningen, The Netherlands 
e Behavioral Sciences Research Institute, University of Puerto Rico, San Juan, Puerto Rico 
f Department of Epidemiology, University of Groningen, University Medical Center Groningen, Groningen, The Netherlands 

∗ Corresponding author: Juan C. Celedón, MD, DrPH, Division of Pulmonary Medicine, UPMC Children’s Hospital of Pittsburgh, 4401 Penn Ave, Pittsburgh, PA 15224. Division of Pulmonary Medicine UPMC Children’s Hospital of Pittsburgh 4401 Penn Ave Pittsburgh PA 15224

Abstract

Background

Asthma is the most common chronic respiratory disease in children, with known sex differences in prevalence and severity that shift after puberty. Total IgE, a marker of type 2–high asthma, also differs by sex and age and may contribute to these disparities.

Methods

We tested whether nasal epithelial gene expression differs by sex and interacts with total IgE in ways that may inform asthma pathogenesis in a transcriptome-wide association study in nasal epithelial samples from participants in two cohorts: EVA-PR (including 398 Puerto Rican youths aged 12-20 years) and PIAMA (including 303 Dutch adolescents aged 16 years).

Results

Differential expression analysis by sex identified 406 genes at a false discovery rate–adjusted P value of < .05, with 225 upregulated and 181 downregulated in female compared to male subjects. Top differentially expressed genes included hormone- and immune-related genes such as THRB, IL17REL, and CD207 . Among these, 6 genes ( MNDA, IFIT1, IFIT2, SLC22A17, JAG2, and MT3 ) showed significant sex-by-total IgE interaction effects on expression. Pathway enrichment analyses revealed that female subjects had activation of eukaryotic translation pathways (eg, EIF2 signaling), while male subjects showed activation of immune-related pathways (eg, interferon signaling). Additionally, 19 pathways were enriched in the sex-by-IgE interaction model, including TREM1 and cytokine storm signaling.

Conclusions

Our findings provide new insights into sex-specific regulation of gene expression in airway epithelium and its interaction with total IgE, helping to explain observed sex differences in asthma. This underscores the need to consider sex as a biological variable in asthma research and points to potential targets for precision medicine approaches.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Key words : TWAS, sex, total IgE, EVA-PR, PIAMA

Abbreviations used : DEG, EVA-PR, FDR, FDR-P, PIAMA, QC, RNA-Seq, T2, T17


Plan


 The first 2 authors contributed equally to this article, and both should be considered first author. The last 2 authors contributed equally to this article, and both should be considered senior author.


© 2025  American Academy of Allergy, Asthma & Immunology. Publié par Elsevier Masson SAS. Tous droits réservés.
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Vol 157 - N° 5

P. 1043-1051 - mai 2026 Retour au numéro
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