Les diarrhées chroniques (> trois selles/j et/ou débit fécal > 200 g/j/> 4 semaines) ont des causes multiples. L'étape clinique (en particulier l'interrogatoire) est essentielle. En l'absence de cause évidente, une coloscopie avec iléoscopie terminale et biopsies est presque systématique, qui permet le diagnostic des maladies intéressant la muqueuse (tumeurs, maladies inflammatoires de l'intestin). L'orientation clinique vers une maladie du pancréas indique avant tout un scanner ou une imagerie par résonance magnétique (IRM). Des carences ou des manifestations systémiques font rechercher en priorité une maladie cœliaque. En l'absence d'orientation, l'examen quantitatif des selles et la recherche de carences permettent de classer la diarrhée (malabsorption, entéropathie exsudative, diarrhée hydrique [motrice, osmotique, sécrétoire]) et de choisir les tests diagnostiques spécifiques. En l'absence d'altération générale, les diarrhées liées aux troubles fonctionnels intestinaux sont sans doute les plus fréquentes mais restent un diagnostic d'élimination, comme les rares diarrhées factices.