L’analyse de l’ADN tumoral circulant (ADNtc) par biopsie liquide est une avancée majeure dans la prise en charge des patients atteints de cancer, offrant une méthode peu invasive pour la détection des altérations génétiques tumorales et permettant un suivi personnalisé. Cette approche est essentielle pour guider l’introduction d’inhibiteurs de kinase spécifiques ou d’immunothérapies. Face aux défis technologiques complexes et à la nécessité d’une validation rigoureuse, le Groupe français de cytogénétique oncologique (GFCO) a établi des recommandations consensuelles nationales afin d’accompagner les laboratoires de biologie moléculaire sur les enjeux techniques de l’analyse de l’ADNtc.

Ces recommandations, destinées à encadrer le testing somatique de l’ADNtc, ont été élaborées selon la méthodologie structurée du consensus DELPHI. Un questionnaire élaboré par un groupe de travail de huit biologistes et deux bio-informaticiens a été soumis à 55 plateformes françaises spécialisées dans la biopsie liquide. Un taux de participation notable de 71 % (39 réponses) a été atteint. Le consensus a été défini par un seuil d’accord d’au moins 80 % des participants pour chaque proposition. Une session de discussion et de vote en direct a été organisée lors des Journées du GFCO 2024 pour les points n’ayant pas atteint initialement ce seuil.

Les recommandations validées couvrent les phases pré-analytique (collecte, conservation), analytique (NGS, UMIs, profondeur de séquençage) et post-analytique (bio-informatique, compte-rendu). Les points de consensus forts incluent la nécessité d’utiliser des tubes avec stabilisateurs si le traitement n’est pas possible dans les 3–4 heures ou pendant le week-end (97,8 % d’accord). La double centrifugation des échantillons est requise pour minimiser la contamination par les débris cellulaires et les leucocytes (87,37 %). En phase analytique, l’utilisation d’identifiants moléculaires uniques (UMIs) est unanimement recommandée (100 %) pour améliorer la sensibilité et réduire les biais. L’objectif de sensibilité est d’au moins 0,5 % pour le testing ADNtc, nécessitant une profondeur d’environ 10 000 x avant déduplication. En phase post-analytique, l’évaluation de l’hématopoïèse clonale (CHIP) est jugée essentielle pour fiabiliser le résultat (100 %).

Cette mise à jour des recommandations du GFCO fournit un cadre standardisé pour l’utilisation de la biopsie liquide en oncologie en France. Des mises à jour régulières seront nécessaires pour s’adapter à l’évolution rapide de la technologie.

The analysis of circulating tumor DNA (ctDNA) by liquid biopsy is a major advance in the management of patients with cancer, offering a minimally invasive method for detecting tumor genetic alterations and enabling personalized monitoring. Faced with complex technological challenges and the need for rigorous validation, the French-Speaking Group for Oncological Cytogenomics (GFCO) has established national consensus guidelines.

These guidelines, designed to govern ctDNA analysis, were developed using the Delphi consensus methodology. A questionnaire developed by a working group of eight biologists and two bioinformaticians was submitted to 55 French platforms specializing in liquid biopsy in oncology. A participation rate of 71% was achieved. Consensus was defined by an agreement threshold of at least 80%. A live discussion and voting session was held during the GFCO 2024 Days for items that did not initially reach this threshold.

The validated recommendations cover the pre-analytical, analytical, and post-analytical phases. In total, 37 recommendations with a consensus exceeding 80% were adopted.

These GFCO recommendations provide a standardized framework for the use of liquid biopsy in oncology in France. Regular updates will be necessary to adapt to the rapid evolution of the technology.