La détection de génomes viraux par amplification génique (PCR) et hybridation à partir du liquide céphalorachidien est un outil performant pour le diagnostic des méningoencéphalites virales primitives dues aux virus du groupe herpès, aux entérovirus, au polyomavirus JC ou observées lors de primo-infection à VIH-1. Au cours des maladies virales éruptives ou respiratoires, ces techniques sont moins adaptées car l'atteinte cérébrale est secondaire à la virémie. La biologie moléculaire est applicable au suivi thérapeutique des infections par la mesure de la charge virale dans le liquide céphalorachidien ou par la négativation de la PCR. Elle permet la caractérisation de mutants résistants par le séquençage d'une région du génome et présente un intérêt épidémiologique dans létude de la variabilité génétique de souches virales (VIH-1, virus de la Dengue). La diffusion de ces méthodes, initialement de la compétence de laboratoires spécialisés, a été favorisée par la mise au point de trousses commercialisées. Mais du fait de l'extrême sensibilité de ces outils, l'instauration de modes opératoires standardisés et de contrôles de qualité sont des garanties indispensables.

The use of PCR and hybridization for the detection of viral nucleic acids in cerebrospinal fluid (CSF) currently represents the most reliable method for the meningoencephalitis diagnosis due to herpes viruses, enteroviruses, JC polyomavirus and HIV-1 primary infection. The molecular tools are less suitable for the postinfectious encephalitis associated with a systemic viral infection such as neurologic complications of measles, rubella, influenza and varicella, The speed and high sensitivity allow earlier diagnosis and specific treatment. The monitoring of the antiviral therapy is assessed by the development of quantitative amplification assays in CSF or by a negative PCR result. The pattern mutations conferring resistance and the genetic variability of viruses (HIV-1, Dengue virus) could be determined from different locations in the genome. Theses methods performed over the past several years as research tools have now a large scale application with the commercialization of some tests. But before becoming the first line diagnostic test, PCR of CSF could be conducted with control quality and evaluated protocols for avoiding false positive and negative results.