Les troubles digestifs sont fréquents en cas de déficit immunitaire, qu'ils soient d'origine acquise ou congénitale. Les étiologies sont le plus souvent infectieuses, fréquemment liées à des germes opportunistes, mais aussi tumorales ou d'origine inflammatoire idiopathique.

Au cours de l'infection par le virus de l'immunodéficience humaine (VIH), les manifestations digestives apparaissent en règle lorsque les lymphocytes CD4 sont au-dessous de 200/mm³. La candidose oesophagienne, les oesophagites et colites à Cytomégalovirus (CMV), ainsi que les diarrhées à cryptosporidies ou microsporidies sont les manifestations les plus caractéristiques. Dans les déficits immunitaires associés aux hémopathies malignes, ou dans les suites de greffe, la diarrhée est le symptôme prédominant.

Lors des déficits congénitaux qui sont rares en dehors de l'hypogammaglobulinémie et du déficit isolé en immunoglobulines A (IgA), les troubles digestifs sont très variables en intensité et en fréquence. La diarrhée, là encore, est le symptôme prédominant, essentiellement d'origine infectieuse, notamment en rapport avec Giardia-Lamblia.

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