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Mapping biomedical terminologies using natural language processing tools and UMLS: Mapping the Orphanet thesaurus to the MeSH - 28/09/10

Matching entre terminologies médicales en utilisant les outils de traitement automatique du langage naturel et UMLS : matching entre le thésaurus Orphanet et le MeSH

Doi : 10.1016/j.irbm.2010.04.003 
T. Merabti a, b , M. Joubert b, T. Lecroq a, A. Rath c, S.J. Darmoni a, ⁎
a CISMeF team, Rouen University Hospital (cour Leschevein, porte 21, 3e étage), TIBS, LITIS EA 4108, Institute of Biomedical Research, University of Rouen, 1, rue de Germont, 76031 Rouen, France 
b LERTIM EA 3283, Faculty of Medicine, 13385 Marseille, France 
c Orphanet Inserm SC11, 75014 Paris, France 

Corresponding author.

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Abstract

Background

Orphanet aims to provide rare disease information to healthcare professionals, patients, and their relatives.

Objective

The objective of this work is to evaluate two methodologies (Unified Medical Languages Systems [UMLS] and manual Orphanet-ICD-10 link-based mapping & string-based matching) used to map Orphanet thesaurus to the MeSH thesaurus.

Results

On a corpus of 375 mappings, the string-based matching provides significantly better results than the UMLS and manual Orphanet-ICD-10 link-based mapping.

Conclusion

String-based matching could be applied to any biomedical terminology in French not yet included into UMLS.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Keywords : ICD10, Natural language processing, Vocabulary controlled, UMLS

Mots clés : CIM10, France, Traitement langage naturel, Vocabulaire contrôlé, UMLS


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Vol 31 - N° 4

P. 221-225 - septembre 2010 Retour au numéro
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