Chez le patient atteint de mucoviscidose, l'identification de certains bacilles à Gram négatif non fermentant, isolés des sécrétions bronchiques, peut être problématique. Le séquençage partiel du gène de l'ARN ribosomal 16S (gène 16S) peut améliorer l'identification phénotypique de routine. Au cours de l'année 2003, sur les 473 isolats (66 patients), le séquençage du gène 16S a été effectué sur 29 isolats (24 patients), mal identifiés par la galerie biochimique ID32 GN (bioMérieux). Après PCR, les fragments de 995 paires de bases ont été séquencés et analysés avec les données de GenBank pour déterminer l'espèce bactérienne. Les résultats des tests biochimiques et moléculaires étaient concordants pour 20/29 isolats (dix Pseudomonas aeruginosa, cinq Burkholderia cepacia, trois Stenotrophomonas maltophilia, deux Achromobacter xylosoxidans). Cependant, trois des cinq isolats de B. cepacia étaient identifiés comme étant Burkholderia multivorans par une autre technique de PCR avec profils de restriction. L'identification biochimique était insuffisante pour 9/29 isolats (quatre A. xylosoxidans, un P. aeruginosa, un Bordetella petrii, un Bordetella bronchiseptica, un Ralstonia respiraculi et une Ralstonia mannitolilytica). Le séquençage partiel du gène 16S améliore l'identification des bacilles à Gram négatif non fermentant, mais paraît insuffisant pour différencier les différents génomovars du complexe B. cepacia.

Since nonfermenting, Gram negative bacilli recovered from patients with cystic fibrosis could be misidentified with phenotypic procedures, we used partial 16S ribosomal RNA gene (16S gene) sequencing to identify these "Pseudomonas-like» isolates. 473 isolates were recovered from 66 patients in 2003. Sequencing was used to identify 29 (from 24 patients) of the 473 isolates, showing unclear results with routine tests. PCR with specific primers was carried out to amplify a 995 bp fragment, which was then sequenced. The sequences were analyzed with GenBank database for species assignment. Phenotypic and genotypic results were concordant for 20/29 isolates (10 Pseudomonas aeruginosa, 5 Burkholderia cepacia, 3 Stenotrophomonas maltophilia, 2 Achromobacter xylosoxidans). However, 3 of the 5 B. cepacia isolates were then identified as Burkholderia multivorans with a PCR-RFLP procedure. Phenotypic misidentification was observed for 9/29 isolates: 4 A. xylosoxidans, 1 P. aeruginosa, 1 Bordetella petrii, 1 Bordetella bronchiseptica, 1 Ralstonia respiraculi and 1 Ralstonia mannitolilytica. Partial 16S gene sequencing improved the identification of "Pseudomonas-like» isolates from cystic fibrosis patients, but the accuracy to distinguish between genomovars of the B. cepacia complex was inadequate.