Les anaérobies stricts appartiennent aux flores cutanée, buccale, vaginale et digestive. Lorsque ces bactéries quittent leur territoire original, elles sont responsables d'infections sévères. Les pneumonies de déglutition sont dues aux bactéries de l'oropharynx qui colonisent accidentellement les poumons, de même les péritonites surviennent lorsque la flore digestive passe dans le péritoine. Les anaérobies agissent en synergie avec les aérobies pour conduire à des infections mixtes et ceci grâce à leurs propres facteurs de virulence.

Lorsque la flore est d'origine digestive, l'antibiothérapie doit être efficace sur les Bacteroides du groupe fragilis. S'il s'agit d'infections respiratoires ce sont Prevotella, Porphyromonas et Fusobacterium qui sont impliquées dans ces pathologies.

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