DYNAMOF : un programme pour l'analyse dynamique de données de relaxation obtenues à champs magnétiques multiples - 14/02/08
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Résumé |
Cet article décrit un programme écrit en langage MATLAB utilisable pour l'analyse dynamique de données de relaxation enregistrées à différentes valeurs d'induction magnétique B0. Suivant l'approche de l'échantillonnage réduit des densités spectrales — fondée sur l'approximation des hautes fréquences — ce programme calcule les valeurs des densités spectrales J(0), J(ωX) et <J(ωH)> à partir des vitesses de relaxation hétéronucléaire (15N ou 13C) R1, R2 et de la valeur du NOE hétéronucléaire. Un ajustement des densités spectrales avec différentes variantes du modèle de Lipari-Szabo est alors proposé, permettant l'obtention des paramètres du mouvement (temps de corrélation et paramètres d'ordre) ainsi que de la contribution d'échange Réch. Le choix du modèle approprié peut alors être réalisé par une analyse statistique (test du χ2, F-test). Un exemple d'application est donné sur l'analyse de données de relaxation 15N mesurées à 9,4, 11,75 et 14,1 Tesla (correspondant à des fréquences protons de 400, 500 et 600 MHz) sur la protéine P13MTCP1. Pour citer cet article : P. Barthe et al., C. R. Chimie 9 (2006).
Le texte complet de cet article est disponible en PDF.Abstract |
DYNAMOF: a program for the dynamics analysis of relaxation data obtained at multiple magnetic fields. This manuscript describes a MATLAB program devoted to the analysis of relaxation data obtained at different values of magnetic induction B0. Using Reduced Spectral Density Mapping (based on the High-Frequency Approximation), J(0), J(ωX) and <J(ωH)> are calculated from heteronuclear (15N ou 13C) R1, R2 relaxation rates and heteronuclear NOE ratio values. In order to obtain the motion parameters (correlation times and order parameters), spectral densities are then fitted with the different variants of the Lipari-Szabo model. Then, the choice of the right model can be chosen through a statistical analysis (χ2, F-test). As an application, the dynamics analysis of the 15N relaxation data obtained at 9.4, 11.75 and 14.1 Tesla (corresponding to proton frequencies of 400, 500 and 600 MHz) on the protein P13MTCP1 is given. To cite this article: P. Barthe et al., C. R. Chimie 9 (2006).
Le texte complet de cet article est disponible en PDF.Mots clés : Relaxation hétéronucléaire, Analyse dynamique, Modèle de Lipari-Szabo, MATLAB
Keywords : Heteronuclear relaxation, Dynamics analysis, Lipari-Szabo model, MATLAB
Plan
Vol 9 - N° 3-4
P. 503-513 - mars-avril 2006 Retour au numéro
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