La investigación de un brote epidémico incluye varias etapas: definición de los casos y confirmación del brote epidémico, preparación de la investigación, análisis descriptivo del brote epidémico, formulación de hipótesis, implantación de medidas preventivas y su seguimiento y evaluación. La descripción del brote epidémico permite por lo general formular las hipótesis sobre sus causas, pero son a veces necesarias investigaciones complementarias como un estudio analítico (casos y controles), microbiológico o medioambiental. Las medidas preventivas deben ponerse en marcha muy pronto, desde el inicio de la investigación: incluyen el refuerzo de las medidas de precaución en los contactos y la aplicación de medidas complementarias, que varían en función del tipo de brote epidémico. En caso de transmisión cruzada, principal modo de transmisión de brotes epidémicos en reanimación, estas medidas incluyen el establecimiento de medidas complementarias de precaución de contacto para los casos y los pacientes contacto. También debe instaurarse la sectorización (cohorting) de los pacientes y del personal asistencial (con la creación de un sector «sano», un sector de pacientes «contacto» y un sector de agrupación de los casos con un equipo asistencial propio de cada sector), en los brotes epidémicos debidos a enterococos resistentes a los glucopéptidos o a enterobacterias secretoras de carbapenemasas, con el fin de mejorar la eficacia de las medidas de precaución en los contactos. También se deben realizar exploraciones sistemáticas de detección para los pacientes contacto de los casos. La investigación y el control de un brote epidémico nosocomial requieren una colaboración multidisciplinaria entre higienistas, personal administrativo, médicos, biólogos y epidemiólogos, con el apoyo de los organismos responsables. También implican a los centros que trabajan en red con el hospital donde se declara el brote epidémico. La participación de la administración del hospital es indispensable para adoptar decisiones organizativas que a veces pueden ir en contra de determinados objetivos de actividad. El Centre de Coordination de Lutte contre les Infections Nosocomiales (C-CLIN) y la Agence Régionale de Santé pueden proporcionar asesoramiento y ayuda técnica o material para controlar el brote epidémico.