PCR targeting the gene encoding 16S ribosomal RNA (commonly named broad-range PCR or 16S PCR) has been used for 20years as a polyvalent tool to study prokaryotes. Broad-range PCR was first used as a taxonomic tool, then in clinical microbiology. We will describe the use of broad-range PCR in clinical microbiology. The first application was identification of bacterial strains obtained by culture but whose phenotypic or proteomic identification remained difficult or impossible. This changed bacterial taxonomy and allowed discovering many new species. The second application of broad-range PCR in clinical microbiology is the detection of bacterial DNA from clinical samples; we will review the clinical settings in which the technique proved useful (such as endocarditis) and those in which it did not (such as characterization of bacteria in ascites, in cirrhotic patients). This technique allowed identifying the etiological agents for several diseases, such as Whipple disease. This review is a synthesis of data concerning the applications, assets, and drawbacks of broad-range PCR in clinical microbiology.

La PCR amplifiant le gène codant pour l’ARN ribosomal 16S (plus communément appelée PCR 16S ou PCR universelle) est utilisée depuis 20ans comme outil d’étude polyvalent des procaryotes. La PCR 16S a d’abord été utilisée comme outil d’étude taxonomique, puis son usage s’est répandu en microbiologie clinique. Dans cette revue, nous détaillons les applications de la PCR 16S en microbiologie clinique. La première application a été l’identification de souches bactériennes obtenues par culture, mais dont l’identification phénotypique ou protéomique est difficile ou impossible. Cette utilisation a modifié les perspectives de la taxonomie bactérienne et a permis la découverte de nombreuses nouvelles espèces. L’autre application de la PCR 16S en microbiologie clinique est la détection d’ADN bactérien directement à partir de prélèvements cliniques ; nous proposons une synthèse des situations cliniques dans lesquelles cette technique est utile (par exemple les endocardites) et celles dans lesquelles elle ne l’est pas (par exemple pour les infections du liquide d’ascite chez les patients cirrhotiques). Cette technique a permis d’identifier l’agent infectieux responsable de plusieurs pathologies (par exemple la maladie de Whipple). Cette revue fait la synthèse des données sur les indications, avantages et inconvénients de la PCR 16S en microbiologie clinique.