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Heart Research Advances Using Database Search Engines, Human Protein Atlas and the Sydney Heart Bank - 10/10/13

Doi : 10.1016/j.hlc.2013.06.006 
Amy Li, BSc a , Colleen Estigoy, MPhil a, Mark Raftery, PhD b, Darryl Cameron a, Jacob Odeberg, PhD c, Fredrik Pontén, PhD d, Sean Lal, MPhil a, Cristobal G. dos Remedios, DSc a,
a Discipline of Anatomy & Histology, Bosch Institute, University of Sydney, Sydney 2006, Australia 
b Biomedical Mass Spectrometry Facility, University of New South Wales, Kensington 2033, Australia 
c Department of Proteomics, School of Biotechnology, Royal Institute of Technology, KTH Science for Life Laboratory, Stockholm, Sweden 
d Institute of Immunology, Genetics and Pathology, Rudbeck Laboratory, Uppsala University, SE-751 85 Uppsala, Sweden 

Corresponding author at: Bosch Institute, Anderson Stuart Building F13, University of Sydney, Sydney 2006, Australia. Tel.: +61 2 9351 3209.

Résumé

This Methodological Review is intended as a guide for research students who may have just discovered a human “novel” cardiac protein, but it may also help hard-pressed reviewers of journal submissions on a “novel” protein reported in an animal model of human heart failure. Whether you are an expert or not, you may know little or nothing about this particular protein of interest. In this review we provide a strategic guide on how to proceed. We ask: How do you discover what has been published (even in an abstract or research report) about this protein? Everyone knows how to undertake literature searches using PubMed and Medline but these are usually encyclopaedic, often producing long lists of papers, most of which are either irrelevant or only vaguely relevant to your query. Relatively few will be aware of more advanced search engines such as Google Scholar and even fewer will know about Quertle. Next, we provide a strategy for discovering if your “novel” protein is expressed in the normal, healthy human heart, and if it is, we show you how to investigate its subcellular location. This can usually be achieved by visiting the website “Human Protein Atlas” without doing a single experiment. Finally, we provide a pathway to discovering if your protein of interest changes its expression level with heart failure/disease or with ageing.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Keywords : Human protein discovery, Literature search engines, Quertle, Human Protein Atlas (HPA), Sydney Heart Bank (SHB), Tissue microarrays


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Vol 22 - N° 10

P. 819-826 - octobre 2013 Retour au numéro
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  • Myocardial Revascularisation in Renal Dysfunction: A Systematic Review and Meta-Analysis
  • Salil V. Deo, Ishan K. Shah, Shannon M. Dunlay, Patricia J. Erwin, John M. Dillon, Soon J. Park

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