L'homme abrite en permanence dans son tube digestif environ 10¹⁴ bactéries dont les plus abondantes appartiennent toujours à des espèces anaérobies strictes. Ces bactéries sont localisées dans les niveaux de stase du tube digestif, essentiellement dans le gros intestin, mais toute altération du péristaltisme intestinal entraîne une remontée des populations bactériennes dans l'intestin grêle, ce qui est néfaste pour l'hôte. La flore autochtone, présente en permanence dans le tube digestif, s'oppose à l'établissement de tout inoculum bactérien ingéré par l'hôte. Cet « effet de barrière » est dû à l'action de certaines bactéries anaérobies strictes spécifiques, présentes dans la fraction dominante de la flore autochtone. En raison des effets de barrière, il n'est pas possible de modifier la flore d'un adulte en lui faisant ingérer des bactéries vivantes. Seules les bactéries inoculées au moment de la naissance peuvent s'établir et se maintenir si elles possèdent un avantage écologique. En revanche, l'ingestion de quantités très élevées de bactéries viables peut simuler l'activité d'une flore implantée, pendant la durée du transit dans le tube digestif : c'est le mode d'action des probiotiques. Certaines bactéries de la flore endogène passent de façon constante de la lumière du tube digestif dans les ganglions mésentériques chez l'homme en bonne santé : c'est la translocation que l'on peut considérer comme un phénomène physiologique normal.

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