Le traitement initial des mycoses profondes est institué dans l'immense majorité des cas en milieu hospitalier en raison, d'une part de la gravité de ces infections et d'autre part, de la toxicité de certaines molécules antifongiques lorsqu'elles sont administrées par voie parentérale. Si un traitement prolongé est nécessaire, la qualité de la prise en charge ultérieure est le meilleur garant d'un traitement optimal. À ce titre, le rôle du médecin praticien devient alors essentiel. Ces molécules, également disponibles sous d'autres formes galéniques, sont par ailleurs largement employées en médecine de ville dans le traitement des mycoses superficielles.

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