Les colites microscopiques (CM), collagène (CC) et lymphocytaire (CL) représentent une entité pathologique à l'origine de diarrhée sécrétoire chronique ; le côlon est normal à l'endoscopie. Le diagnostic histologique est obtenu par des biopsies étagées sur l'ensemble du cadre colique. La CC est définie par un épaississement collagène de la membrane basale épithéliale supérieur à 10 μm et la CL par l'augmentation du taux de lymphocytes intraépithéliaux supérieur à 20 %. L'incidence annuelle des CM est en augmentation régulière et la prévalence des CM varie de 10 à 14 % chez des malades ayant une diarrhée durant plus de 3 semaines et un côlon normal à l'endoscopie. Le tableau clinique des CM est très proche de celui du syndrome de l'intestin irritable avec diarrhée. Bien que l'origine infectieuse soit évoquée dans la physiopathologie des CM, l'origine médicamenteuse et un terrain dysimmunitaire sont les principaux facteurs associés aux CM, une association privilégiée avec la maladie cœliaque étant notée. Bien que de rares complications puissent survenir au cours de l'évolution, les CM sont des pathologies bénignes dont l'évolution se fait en règle vers la rémission. Sur le plan thérapeutique, il est nécessaire en premier lieu d'éliminer une étiologie médicamenteuse, l'arrêt du médicament permettant une guérison de la colite, et une éventuelle maladie cœliaque associée. Dans les autres cas, le budésonide semble être le traitement de choix pour les formes plus sévères résistantes aux traitements symptomatiques usuels.