Mycobacterium tuberculosis (MTB) est la bactérie responsable de la tuberculose, maladie infectieuse humaine causant le plus de décès dans le monde jusqu'à l'arrivée de la pandémie Covid-19. MTB est décrite comme un complexe comprenant des entités épidémiologiques et génétiques réparties en lignées et espèces humaines et animales. Les connaissances actuelles montrent une génomique clonale avec une transmission verticale de mutations, la présence de séquences répétées (clustered regularly interspaced short palindromic repeats, variable number of tandem repeats et insertion sequences), mais sans transmission horizontale avec d'autres bactéries. MTB comporte une paroi constituée d'acides mycoliques à longues chaînes, imperméable à de nombreux antibiotiques et une croissance in vitro lente et exigeante, ce qui nécessite le plus souvent une expertise spécifique pour les études scientifiques et médicales. Les caractères de virulence et facteurs de pathogénicité sont mieux connus grâce à la génomique soustractive qui a été faite avec la souche vaccinale M. bovis BCG. MTB est un pathogène strict interhumain, avec une transmission respiratoire directe. La transmission peut aussi être digestive ou indirecte à partir de certains animaux infectés ou leurs produits. L'infection est asymptomatique dans la majorité des cas et peut être révélée par une réaction immunologique d'hypersensibilité retardée (intradermoréaction réalisée in vivo ou test in vitro de production lymphocytaire d'interféron gamma). L'infection se poursuit par une maladie tuberculeuse dans 5 à 10 % des cas chez l'immunocompétent, et dans 30 à 50 % des cas chez l'immunodéprimé (par exemple, sida). Une chimiothérapie préventive est partiellement efficace pour éviter cette progression.

La tuberculose est une infection pulmonaire dans au moins deux tiers des cas. Dans le tiers restant, elle se manifeste par une atteinte extrapulmonaire, par exemple sous la forme d'une méningite dont la mortalité est élevée. Chez l'immunodéprimé, la tuberculose comporte souvent une phase disséminée, à l'origine de foyers extrapulmonaires. Le traitement est standardisé (recommandations de l'Organisation mondiale de la santé et de sociétés médicales) et consiste toujours en une polychimiothérapie (association de plusieurs antimicrobiens) pendant plusieurs mois. Le diagnostic de tuberculose entraîne une déclaration obligatoire et d'autres mesures de prévention pour limiter la contagion et prévenir la transmission aérienne, en particulier vis à vis des enfants et des personnes immunodéprimées. La vaccination intradermique par le BCG (suspension de l'obligation depuis 2007, en France) est fortement recommandée dans les zones et situations les plus exposées aux patients tuberculeux. De nombreuses recherches sur MTB et la tuberculose sont encore nécessaires, en particulier pour comprendre l'évolution des souches et leur diversité, la transmission et l'évolution de l'infection vers la maladie, l'absence d'immunisation définitive, les liens entre diversité génétique chez l'hôte et l'agent pathogène, la variabilité de l'expression clinique et la résistance vis-à-vis des antimicrobiens.