La malattia di Crohn è spesso complicata da un coinvolgimento anoperineale, la cui incidenza è valutata in modo diverso in letteratura. La sua presenza è sempre una grave complicazione, in quanto ha un forte impatto sulla qualità della vita. Oltre alle lesioni infiammatorie diffuse e alla lesione primaria dell'ulcerazione, è necessario identificare le complicanze secondarie, che vengono trattate con una combinazione di mezzi medici e chirurgici. Il chirurgo interviene d'urgenza per evacuare un ascesso e, il più delle volte, per installare un sistema di drenaggio con aspirazione, quando una fistulotomia comporterebbe un rischio troppo elevato di incontinenza a causa della sezione dello sfintere. Può essere utilizzato anche per trattare le complicazioni croniche. La fistola ano-rettale può essere trattata con un drenaggio prolungato con setoni quando la via è alta, o con la fistulotomia quando la via è bassa, trans-finterica o sottocutanea. Le recidive richiedono spesso la consulenza di uno specialista, poiché la tecnica migliore deve essere indicata in base a diversi criteri, come il grado di infiammazione, la posizione degli orifizi, il decorso della fistola, la qualità dello sfintere, il numero di fistole e l'eventuale associazione con stenosi di varia lunghezza. Per trattare una fistola secca sono disponibili diversi metodi chirurgici: lembo di abbassamento rettale, iniezione di colla biologica, inserimento di un tappo , legatura intersfinterica del tratto fistoloso, inserimento di una clip, iniezione di cellule mesenchimali autologhe o non autologhe e creazione di un lembo di Martius o gracilis. Le stenosi ano-rettali richiedono dilatazioni ripetute e, in caso di recidiva, una plastica, la cui indicazione è ancora una volta di competenza dello specialista. In alcuni casi di malattia di Crohn avanzata, al paziente può essere proposto uno stoma temporaneo o addirittura permanente quando le lesioni sono considerate gravi e irreversibili. La natura cronica e invalidante della patologia e la molteplicità dei trattamenti disponibili per la stessa lesione implicano il coinvolgimento del paziente nel processo di cura, che è sempre medico e chirurgico, poiché di solito sono disponibili diverse soluzioni, con diversi gradi di efficacia, complicazioni e effetti collaterali.