La flore intestinale peut se révéler délétère dans certaines diarrhées infectieuses ou postantibiotique. Cet écosystème complexe est modifié et augmente quantitativement lors des résections étendues de l'intestin grêle, pouvant ainsi en modifier le pronostic. Les cliniciens cherchent, par l'utilisation d'outils moléculaires pour l'analyse de la flore intestinale, notamment dans certaines pathologies digestives, de mieux comprendre les interactions flore-intestin.

The intestinal flora can appear noxious in certain infectious or post-antibiotic diarrhoeas. This complex ecosystem is modified and increases quantitatively in short bowel syndrome, thus being able to modify the prognosis of it. The clinicians seek, by the use of molecular tools for the analysis of the intestinal flora, in particular in certain digestive diseases, to better understand the interactions between flora and digestive tract.