Les divers virus entériques humains rejetés dans les eaux usées sont très résistants dans le milieu extérieur et peuvent persister aux traitements épuratoires et ensuite être retrouvés dans les eaux de surface, les eaux littorales ou les aliments. Si les pathologies induites sont souvent relativement bénignes (gastroentérites aiguës principalement), le nombre de foyers épidémiques liés à la consommation d’eau ou d’aliments en contact avec des eaux contaminées, très longtemps sous-estimé, est plus élevé que ceux liés à une contamination bactérienne. Par ailleurs, la transmission possible du virus de l’hépatite A, ou d’autres virus induisant des pathologies graves, justifie pleinement l’intérêt récent pour cette problématique. Ces dernières années, la RT-PCR en temps réel et les développements en biologie moléculaire ont permis une avancée importante dans le contrôle des virus entériques dans l’environnement. Le développement de l’approche quantitative, sous réserve de l’introduction de contrôles ciblant les différentes étapes de concentration, d’extraction des acides nucléiques et d’élimination des inhibiteurs permet d’évaluer par exemple l’impact des stations d’épurations sur leur élimination ou leur distribution dans l’environnement.

A variety of human enteric viruses are excreted into sewage. These human enteric viruses being very resistant are not completely eliminated in sewage treatment plant. As a consequence they can be detected in surface or coastal waters, and food. Most of induced illnesses are mild (acute gastroenteritis mainly), one of the reasons explaining that viral outbreaks linked to contaminated waters or food consumption were neglected for a long time. However, the demonstration that number of viral illnesses are far more numerous than bacterial cases and that severe illnesses (such as acute hepatitis A) may occur, make this subject more attractive for research projects. Real-time RT-PCR and molecular developments allowed the development of sensitive methods for detection of human enteric viruses in different environmental samples. Using adequate controls targeting extraction efficiency, nucleic acid extraction and inhibitor removal, a quantitative approach can be done, allowing the evaluation of sewage treatment plant efficiency or their distribution in aquatic environment.