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Combining bioinformatics, chemoinformatics and experimental approaches to design chemical probes: Applications in the field of blood coagulation - 27/06/16

Doi : 10.1016/j.pharma.2016.03.006 
B.O. Villoutreix a, b,
a UMRS 973 Inserm, université Paris Diderot, Sorbonne Paris Cité, Paris 75013, France 
b Inserm, U973, 75013 Paris, France 

Correspondence. UMRS 973 Inserm, université Paris Diderot, Sorbonne Paris Cité, Paris 75013, France.

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Summary

Bioinformatics and chemoinformatics approaches contribute to the discovery of novel targets, chemical probes, hits, leads and medicinal drugs. A vast repertoire of computational methods has indeed been reported over the years and in this review, I will briefly introduce some concepts and approaches, namely the analysis of potential therapeutic target binding pockets, the preparation of compound collections and virtual screening. An example of application is provided for two proteins acting in the blood coagulation system. Overall, in silico methods have been shown to improve R and D productivity in both, academic settings and in the private sector, if they are integrated in a rational manner with experimental approaches. However, integration of tools and pluridisciplinarity are seldom achieved. Efforts should be done in this direction as pluridisciplinarity and a true acknowledgment of all the contributing actors along the value chain could enhance innovation and reduce skyrocketing costs.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Résumé

Les approches bioinformatiques et chémoinformatiques contribuent à la découverte de nouvelles cibles, de sondes chimiques et de médicaments. Un vaste répertoire de méthodes a été développé ces dernières années et dans cette revue seront brièvement présentés quelques concepts et certaines approches, notamment l’analyse des poches des cibles thérapeutiques, la préparation des chimiothèques et le criblage virtuel. Un exemple d’application est donné et concerne deux protéines impliquées dans la coagulation sanguine. Globalement, il a été démontré que les approches in silico améliorent la productivité dans les milieux universitaires et instituts de recherche académique et dans le secteur privé, si elles sont intégrées de manière rationnelle avec des approches expérimentales. Toutefois, cette intégration de méthodes et la pluridisciplinarité se produisent encore assez rarement. Des efforts doivent être faits dans ce sens car la pluridisciplinarité associée à une véritable reconnaissance de tous les acteurs qui contribuent le long de cette chaîne de valeur pourrait stimuler l’innovation et contribuer à la réduction des coûts de manière significative.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Keywords : Chemoinformatics, Bioinformatics, Protein-protein interactions, Compound collection, Binding pockets, Virtual screening, Blood coagulation

Mots clés : Chémoinformatique, Bioinformatique, Interactions protéine-protéine, Chimiothèque, Poches de fixation de ligands, Criblage virtuel, Coagulation sanguine


Plan


 This article was the subject of a communication, January 20th, 2016, at the Faculty of Pharmaceutical Sciences, Paris Descartes during the joint meeting of the InterAcademy symposium, “Chemistry for health”.


© 2016  Académie Nationale de Pharmacie. Publié par Elsevier Masson SAS. Tous droits réservés.
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Vol 74 - N° 4

P. 253-266 - juillet 2016 Retour au numéro
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  • Validated spectrophotometric and chromatographic methods for simultaneous determination of ketorolac tromethamine and phenylephrine hydrochloride
  • T.S. Belal, D.S. El-Kafrawy, M.S. Mahrous, M.M. Abdel-Khalek, A.H. Abo-Gharam

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