S’intéresser au monde des microbiotes suppose d’abord d’essayer de discerner les limites et difficultés des méthodes en permettant l’étude. Au niveau pulmonaire, le microbiote semble être chez le sujet sain une expansion essentiellement bronchique de celui de l’oropharynx, cantonnée par l’épuration muco-ciliaire et la pauvreté des ressources disponibles localement. Les circonstances pathologiques agiront en favorisant une expansion plus ou moins globale et/ou une modification de sa répartition pouvant aller jusqu’à une perte de sa diversité. La pauvreté naturelle de ce microbiote nous incite, d’une part, à reconsidérer l’organisation de nos sociétés, inadaptée par sa concentration des individus ; et d’autre part, pour l’immunologiste, l’incite à reconsidérer l’aménagement des interfaces de notre organisme avec son environnement et à repenser le système immunitaire, et l’enseignement de la discipline, en ouvrant peut-être ainsi une nouvelle période dans l’histoire de la discipline.

Taking interest in microbiotas world needs first to deal with methodological limits and pitfalls. In the lung area, microbiota seems an expansion, basically bronchial, of the oropharynx one, and limited by mucociliary clearance and nutrient poverty. Pathological conditions lead to a somewhat global richness increase, and/or composition alterations that can end in a loss of diversity. The natural lowness of this microbiota, first, incites us to rethink our society's organization, inadequate by its individual's concentration ; second, incites immunologists to reconsider body interfaces with environment, and to rethink immune system and Immunology teaching, possibly opening in this way a new era in this science story.