Le facteur V (FV) de la coagulation, sous sa forme activée, est le cofacteur non enzymatique du facteur X (FX) activé de la coagulation, dans la génération de thrombine. L'action du FV activé (FVa) est limitée par la protéine C activée (PCa), qui clive et inactive le FVa et le facteur VIII activé (FVIIIa). Le FV Leiden correspond à une mutation ponctuelle qui conduit au remplacement d'une arginine par une glutamine en position 506 de la séquence protéique (R506Q) (substitution nucléotidique G1691A du gène du FV). Cette mutation affecte l'un des principaux sites de clivage du FV par la PCa ; le FV muté est donc moins sensible à l'action de la PCa, dont l'action inhibitrice devient moins efficace. Le FV Leiden est la cause la plus fréquente de thrombophilie héréditaire dans la population caucasienne. Sa présence majore le risque thrombotique de 7 % à l'état hétérozygote, et de 80 % à l'état homozygote. D'autres mutations du gène du FV existent, beaucoup plus rares, affectant le taux et/ou la fonction du facteur V, responsables ou non de résistance à la protéine C activée (RPCa), et associées ou non à un surrisque thrombotique. La recherche de la mutation R506Q du gène du FV fait partie du bilan de thrombophilie standard. Le diagnostic de confirmation repose sur la biologie moléculaire d'emblée le plus souvent (acte de biologie médicale remboursé).