Le rôle du virome cutané dans les dermatoses inflammatoires reste mal connu du fait de contraintes techniques spécifiques. De plus, sa description reste qualitative car la corrélation entre le nombre de reads obtenus après une amplification random+un séquençage haut-débit (HTS) et le nombre de copies de génome viral n’est pas démontrée.

Décrire qualitativement et quantitativement l’évolution topographique et temporelle des papillomavirus et polyomavirus humains cutanés (HPV et HPyV) chez 2 patients souffrant de dermatite atopique (DA) et de psoriasis (Pso).

Nous avons extrait l’ADN de prélèvements cutanés effectués sur peau lésionnelle (PL) et non lésionnelle (PNL) chez ces 2 patients à M0, M1 et M3. À M0, un traitement par méthotrexate (MTX) était instauré chez le patient DA et par dermocorticoïdes seulement chez la patiente Pso. L’utilisation d’une technique de PCR multiplex AmpliSeq® a précédé le HTS. Les résultats étaient comparés à une PCR quantitative (qPCR) pour étude de corrélation.

Les résultats de l’association AmpliSeq®+ HTS et ceux de la qPCR étaient significativement corrélés (coefficient κ 0,95), démontrant que l’association AmpliSeq®+ HTS permet la quantification les charges virales, avec cependant davantage de sensibilité que la qPCR. Chez les 2 patients, 31 et 32 souches virales ont été détectées respectivement, principalement des b et g HPV mais également du Polyomavirus de Merkel (MCPyV). La composition de la flore virale était variable selon la topographie et au fil du temps. Cependant chez le patient DA, les bHPV107 et 120 prédominaient en PL (70,95 %), tandis que le gHPV134 prédominait en PNL (93,1 %). Chez le patient Pso, le bHPV12 et le MCPyV (65,4 %) prédominaient en PL, tandis que le gHPV50 prédominait en PNL (92,6 %). Parallèlement à l’amélioration clinique, la composition de la flore virale a varié au fil du temps en PL, tandis qu’elle est restée plus stable dans la PNL chez les 2 patients. Chez le patient DA, le bHPV107 n’était plus surreprésenté à M3 en PL (10,3 %) tandis que le gHPV134 continuait de prédominer de M0 à M3 en PNL. Chez le patient Pso, en PL, le bHPV12 diminuait à M3 (0,05 %) tandis que le MCPyV devenait prédominant (37,7 %). Au contraire, le gHPV50 restait prédominant en PNL de M0 à M3.

Malgré de grandes variations intra et interindividuelles de la flore virale, des signatures virales individuelles qualitatives et quantitatives ont pu être détectées dans la PNL et dans la PL en fonction de l’évolution de l’activité de la DA et du Pso : la flore virale d’un individu semble peu varier quantitativement et qualitativement en PNL dans le temps, même sous MTX, contrairement à celle de la PL.