Identification des gènes essentiels in vitro de Pseudomonas aeruginosa OprD mutant résistant aux carbapénèmes - 17/02/23
, S. Caboche 2, 3, T. Blanchot 1, 4, A. Brisebarre 1, C. Audebert 3, 5, A. Muggeo 1, 4, T. Guillard 1, 4Résumé |
Introduction |
Pseudomonas aeruginosa (PA) OprD mutant est une souche résistante aux carbapénèmes par perte fonctionnelle la porine OprD. Elle présente une pathogénicité augmentée vis-à-vis de l’épithélium des voies aériennes en contrebalançant la réponse oxydative antibactérienne. Pour tenter d’appréhender ce phénomène, nous avons cherché à déterminer les gènes essentiels de PA14 OprD mutant par TnSeq (Transposon Sequencing).
Méthodes |
La construction de la banque de mutant PA14ΔoprD a été réalisée par intégration d’un transposon au niveau des sites thymine-adénine (TA) du génome de façon aléatoire et unique et inactivant ainsi dans chaque bactérie constituant la banque, un gène de l’ensemble du chromosome. Les banques PA14 WT et PA14ΔoprD ont ensuite été cultivées en milieu LB et l’ADN génomique bactérien a été extrait, purifié, digéré par l’enzyme de restriction MmeI, ligaturé à des adaptateurs, amplifié par PCR puis séquencé à haut débit en « single-read » sur Nextseq 500. L’analyse des données de TnSeq n’étant pas standardisée, différentes Méthodes et paramètres d’analyses ont été comparés pour déterminer les gènes essentiels avec les logiciels TRANSIT et FiTnEss. Les gènes identifiés ont ensuite été annotés avec leurs fonctions et les Résultats obtenus pour les deux souches ont été comparés.
Résultats |
Avant de déterminer les gènes essentiels, les métriques des différents échantillons ont été contrôlées et ont permis la validation des deux banques. Après comparatif des Méthodes d’analyse, c’est le logiciel FiTnEss qui a été utilisé. Nous avons ainsi établi une liste de 510 gènes essentiels pour PA14ΔoprD en milieux LB versus 609 gènes essentiels pour PA14 WT. Quatre-vingt-six gènes étaient spécifiques de PA14 WT et 31 gènes étaient spécifiques à la PA14ΔoprD. Les 31 gènes spécifiques de PA14ΔoprD ont été annotés à l’aide des bases de données existantes.
Conclusion |
L’essentialité de ces 31 gènes, en comparaison avec PA14WT, est donc la résultante de la perte de la porine OprD. Ils pourraient donc intervenir dans l’augmentation de la pathogénicité du mutant vis-à-vis de l’épithélium des voies aériennes. Pour renforcer les Résultats de séquençage, l’essentialité des gènes déterminés va être vérifiée biologiquement.
Le texte complet de cet article est disponible en PDF.Plan
Vol 40 - N° 2
P. 133 - février 2023 Retour au numéro
Article précédent
- Altered pIgR/IgA mucosal immunity in bronchiolitis obliterans syndrome
- F. Carlier, M. Pretolani, B. Detry, N. Heddebaut, T. Planté-Bordeneuve, E. Longchampt, L. Falque, M. Reynaud-Gaubert, S. Hirschi, X. Demant, J. Mornex, A. Tissot, J. Le Pavec, J. Messika, A. Foureau, A. Vallée, C. Pilette, O. Brugière
- Comparaison des effets anti-inflammatoires des corticoïdes classiques et dissociés (SEGRAMs) sur macrophages pulmonaires humains
- M. Brollo, H. Salvator, E. Naline, S. Grassin-Delyle, P. Devillier
Bienvenue sur EM-consulte, la référence des professionnels de santé.
L’accès au texte intégral de cet article nécessite un abonnement.
Déjà abonné à cette revue ?