Des déséquilibres des microbiotes (dysbioses) ont été constatés au début des rhumatismes inflammatoires chroniques, y compris chez des jumeaux discordants. Le manque en bactéries protectrices et/ou une consommation accrue de mucus par des bactéries invasives, pourrai(en)t faciliter le transport transmuqueux d’antigènes-métabolites bactériens. Certains pourraient migrer au sein de macrophages (exemple de la maladie de Whipple) dans les synoviales/enthèses et y stresser des cellules présentatrices mémoires, voire enclencher une auto-immunité locale. Des travaux récents suggèrent que des anomalies du pool des bactériophages, virus de bactéries spécifiques de celles-ci, pourraient contribuer à induire des dysbioses : (i) manque en bactériophages lytiques protecteurs (comme les crAss-like) dirigés contre les bactéries « mangeuses de mucus » ; (ii) et/ou colonisation par des bactériophages tempérés, ne tuant pas les bactéries qu’ils infectent, mais important au sein de celles-ci des gènes les rendant plus toxiques/résistantes, dont à la réponse immune de l’hôte. Ce texte rappelle la complexité du sujet du fait : (i) des fonctions différentes des sous-types de bactériophages (lytiques, tempérés, de transduction, pseudo-lytiques) ; (ii) de la variabilité extrême des 10¹⁵ bactériophages présents dans nos muqueuses (quelques milliers d’espèces chez une personne sur les 140 000 possibles chez l’être humain) ; (iii) de la difficulté à interpréter les variations observées du nombre de bactériophages dans les rhumatismes inflammatoires, dont les PRs : causes ou conséquences des dysbioses, voire associations fortuites ? Des études longitudinales chez des sujets à risques pourraient toutefois confirmer que des bactériophages précipitent bien certaines maladies auto-immunes, comme observé récemment dans les diabètes juvéniles.

Dysbiosis have been consistently observed at the onset of chronic inflammatory rheumatisms, including discordant twin pairs of rheumatoid arthritis. A lack of protective bacteria and/or ingestion of mucus by some invasive bacteria may foster the translocation of bacterial antigens/metabolites through the mucosal barrier. Some of those triggers may subsequently traffic within macrophages (cf. Whipple's disease) towards synovia/entheses and stress their memory presenting cells, up to autoimmunity when those antigens also mimic human peptides. Recent works suggest that disturbances of the pool of bacteriophages might contribute to acute or chronic onset of those dysbioses: (i) lack of lytic bacteriophages (especially crAss-like phages) targeting mucus-eating bacteria; (ii) excess of temperate bacteriophages, which usually do not kill their bacteria but rather make them more resilient to metabolic stresses and/or host's immune response. This review also stresses the complexity of the topic due to: (i) different subtypes/functions of bacteriophages (lytic, temperate, transduction, pseudo-lytic); (ii) the extreme variability of the phageosome (10¹⁵ bacteriophages in human mucosae, but ‘only’ some thousands of subtypes in each individual, whereas 140,000 have been already observed in humans), making each phageosome unique; (iii) the possibility that most of associations described so far may more consequences of dysbioses rather than causal. Accordingly, longitudinal studies of phageosome in at-risk patients are mandatory to sustain the hypothesis that bacteriophages may contribute to the onset of autoimmune disorders, as suggested by observations recently made in juvenile diabetes even prior to the onset of this condition and its dybiotic signature.