En pratique médicale, les prescriptions antibiotiques sont parmi les plus usuelles mais aussi parmi les plus difficiles. Le choix d'un antibiotique doit être guidé par une démarche intellectuelle conduisant à répondre impérativement à trois questions : quel est le site infecté, quelle bactérie est en cause et sur quel terrain survient l'infection bactérienne ? Il doit respecter au mieux l'écologie bactérienne en constante évolution, dont les réseaux de surveillance mis en place en France permettent d'établir des recommandations nationales qui éclairent le prescripteur dans son choix, qu'il va pouvoir alors justifier. Le choix d'un antibiotique dépend également de facteurs pharmacocinétiques et pharmacodynamiques, permettant de s'assurer que l'antibiotique choisi est le plus efficace au niveau du site de l'infection et qu'il est bien toléré par le patient. Un seul antibiotique suffit, dans la majorité des cas, pour traiter une infection bactérienne, mais le choix de celui-ci doit impérativement être réévalué secondairement et adapté aux éventuels résultats des prélèvements microbiologiques. Chaque année, des bactéries avec de nouveaux phénotypes de résistance émergent et les nouvelles molécules deviennent rares. Il est donc nécessaire d'utiliser les antibiotiques à notre disposition selon un choix éclairé et justifié, en respectant impérativement les bonnes règles de prescription. Notre décision médicale de prescrire une antibiothérapie a un impact collectif certes via le microbiote et la transmission animal-homme-environnement, mais d'abord individuel avec un premier objectif de guérir le patient de son infection et de lui épargner tout effet indésirable imputable au traitement prescrit.