Les méthodes de typage élaborées pour analyser l'épidémiologie de Clostridium difficile ont d'abord reposé sur des marqueurs phénotypiques tels que profils protéiques, immunoblot, mais surtout sérogroupage, qui reste aujourd'hui considéré comme la méthode phénotypique de référence. Les méthodes génotypiques développées par la suite font appel à l'analyse de l'ADN chromosomique par restriction (REA, PFGE) ou par PCR (AP-PCR et RAPD, PCR-ribotypage, AFLP, rep-PCR), la PCR-ribotypage étant aujourd'hui la méthode de typage moléculaire offrant la meilleure association entre faisabilité technique, pouvoir discriminant et facilité d'interprétation. Plus récemment, l'analyse du polymorphisme de gènes de virulence (gènes des toxines A et B, de la flagelline, d'une protéine de la couche S) est apparue comme une approche séduisante pour relier épidémiologie et virulence. L'analyse par MultiLocus Sequence Typing (MLST) permet, quant à elle, de développer une analyse à la fois macro-épidémiologique et phylogénétique de C. difficile. Le choix d'une méthode de typage de C. difficile doit être fonction des objectifs poursuivis, c'est-à-dire analyse d'un foyer épidémique ou étude macro-épidémiologique.

Typing methods for the analysis of the epidemiology of Clostridium difficile were initially based on phenotypic markers such as protein profiles, immunoblotting, and serogrouping, which is acknowledged as the reference phenotyping method. Genotypic markers were then developed by analysis of chromosomal DNA through restriction (REA, PFGE) or PCR (AP-PCR and RAPD, PCR-ribotyping, AFLP, rep-PCR). PCR-ribotyping appears as the molecular typing method which combines technical feasibility, discriminatory power, and easy interpretation. Recently, the analysis of virulence genes polymorphism (genes encoding toxins, flagellin, or surface protein slpA) has shown a promising approach to link epidemiology and virulence. MultiLocus Sequence Typing (MLST) allows to combine both macro-epidemiology and phylogenetic analysis of C. difficile. The choice of a typing method for C. difficile must be discussed in view of the epidemiological question investigated, i.e. analysis of a local outbreak or macro-epidemiological study.