Après plus de 20 ans d'utilisation du concept, la définition même de la comorbidité reste l'objet de controverses. Pourtant de nombreux travaux ont largement remis en cause les anciens principes de classifications. Alors que les difficultés posées par les critères diagnostiques ne relèvent, en définitif, que de préalables méthodologiques, la comorbidité, par les hypothèses qu'elle entraîne, bouleverse profondément le concept de préséance et de hiérarchie diagnostique. Le modèle néokraepelinien s'est vu largement modifié ou même rejeté. La persistance de règles d'exclusion hiérarchique dans les classifications les plus récentes représente l'aveu de la limite du concept qui ne peut rendre compte de toutes les situations morbides rencontrées en psychiatrie.

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